微生物组α-多样性指数可视化（箱线图）

最新推荐文章于 2024-07-03 14:59:47 发布

Tree_microbiome

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分类专栏：微生物组测序数据可视化文章标签： r语言开发语言

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在微生物组测序后我们需对α-多样性指数进行可视化，一般采用箱线图的形式

（1）数据处理

以下是作图时数据的形式，treatment表示每个样本所在处理,Shannon 代表shannon 指数的值。

（2）R作图

图1 填充式box

图2 无填充色box

rm(list = ls())
#载入包
library(ggplot2)
library(ggpubr) 
library(readxl)
#设置工作目录
setwd("C:/Users/24810/Desktop")
#读入文件
df1<- read_excel("不同地区shannon.xlsx")
View(df1)
#设置方差分析分组
my_groups <- list(c("H", "D"))
#绘图，填充式box(图1)
p=ggplot(df1,aes(x=treatment,y=Shannon,fill=treatment))+geom_boxplot(width = 0.3)+geom_jitter(width = 0.1)+theme(panel.background = element_rect(colour = 'black',size=2))+stat_compare_means(method ="t.test",comparisons=my_groups,label='p.signif',map_signif_level=T)
p

#绘图，无填充色box（图2）
p <- ggboxplot(df1, x = "treatment", y = "Shannon",color = "treatment",add="jitter",width =0.3,size=3)+xlab("treatment")+theme(panel.background=element_blank(),panel.border=element_rect(linetype="solid",fill=NA))+theme(axis.text=element_text(size=15,color="black"),axis.title=element_text(size=15,face="bold",color="black"))+theme(legend.position = "right",legend.text=element_text(face="bold",size=12))+stat_compare_means(method = "t.test",comparisons=my_groups,label='p.signif',map_signif_level=T)
p