Alpha多样性之箱线图绘制

最新推荐文章于 2024-07-03 14:59:47 发布

猿大人007

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分类专栏：宏基因组文章标签： Alpha多样性箱线图

本文链接：https://blog.csdn.net/rojyang/article/details/81357760

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本文介绍了如何使用R软件中的vegan包计算Alpha多样性指数，包括Richness, Chao1, Shannon等。重点在于利用ggplot2绘制样本的Shannon多样性指数箱线图，阐述了箱线图的构成元素，并提示了数据处理和图形美化的关键点，特别是数据转换为melt格式的重要性。" 60572871,5883150,Swift编程：深入理解WKWebView的WKUIDelegate,"['iOS开发', 'Swift编程', 'WebKit', '移动开发']

摘要由CSDN通过智能技术生成

Alpha多样性

通常用Richness,Chao1，Shannon，Simpson，Dominance和Equitability等指数来评估样本的物种多样性。

所以这个节学习主要分两个部分；

## 1 计算 α生物多样性指数

软件： R软件中vegan包

## 1 第一步输入数据整理成矩阵
>data = read.table(inputFile, header = T, sep = "\t", row.names = 1)
>head(data)
      sp1 sp2 sp3 sp4 sp5 sp6 sp7

sample1 3 6 1 2 1 0 0

sample2 8 0 30 0 0 0 0

sample3 0 1 0 2 0 1 3

### 2 基于最小值进行重抽样标准,如果16数据通过single_rarefaction.py进行标化
>dataR = rrarefy(data,min(rowSums(data)))

### 计算各Alpha多样性指数
>library(vegan)

#计算Shannon-Wiener指数
>Shannon.wiener = diversity(dataR, "shannon")

#计算Simpson指数
>Simpson = diversity(divdata,"simpson") 

#计算Inverse Simpson指数
>Inverse.Simpson = diversity(dataR, index = "inv")

#计算物种累计数
>S = specnumber(dataR)

#计算Pielou均匀度指数
>J = Shannon.Wiener / log(S)

#计算chao1, ACE
>ca = data.frame(es