前言
之前有小伙伴问道,能否复现一篇关于微生物多样性文献里的图片,今天小编给大家分享一下微生物分析相关的画图方法。这篇文献《Diversity and predictive metabolic pathways of the prokaryotic microbial community along a groundwater salinity gradient of the Pearl River Delta, China》旨在研究珠三角地区地下水的微生物群落结构。
期刊名称:scientificreports
项目类型:微生物多样性
图片复现
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1.文献中所用的方法
数据库:Silva16SrRNA数据库
软件:
①Mothur软件进行Alpha多样性分析。
②利用微生物生态学定量洞察(Qiime1.7.0)的层次聚类和主坐标分析(PCoA)进行地下水样品的beta多样性分析。
③使用SPSS software (IBM Corp., Armonk, NY, USA)软件进行等级相关分析。
④CANOCO4.5软件进行冗余分析(RDA)。
⑤R绘制相关性热图。
⑥采用线性判别分析(LDA)评估每个微生物分类群的差异,进行Kruskal-Wallis检验,以确定海水和淡水之间的显著差异。
⑦通过重建未观察状态(PICRUST)对群落进行系统发育调查,对OTU序列进行归一化,并与KEGG数据库进行比较,以进行功能预测分析。
2.Alpha多样性
文献:
通过聚类和比对,基于97%阈值获得984个微生物OTUs,范围为364-634OTUs,表明采样点间微生物OTU数量存在显著差异。