图表复现|PRD地下水微生物群落的多样性分析文献

最新推荐文章于 2024-05-27 16:21:44 发布

作图帮

最新推荐文章于 2024-05-27 16:21:44 发布

阅读量847

点赞数 1

文章标签：知识图谱人工智能 python

本文链接：https://blog.csdn.net/weifanbio/article/details/120633369

版权

本文介绍了一篇关于珠三角地区地下水微生物群落多样性的研究，使用Mothur、Qiime、SPSS、CANOCO和R等工具进行分析。通过复现文献中的图表，展示了Alpha和Beta多样性、微生物分类学组成、差异分析和功能预测。研究发现微生物群落组成与地下水盐度密切相关，对理解环境污染和生态意义有重要意义。

摘要由CSDN通过智能技术生成

前言

之前有小伙伴问道，能否复现一篇关于微生物多样性文献里的图片，今天小编给大家分享一下微生物分析相关的画图方法。这篇文献《Diversity and predictive metabolic pathways of the prokaryotic microbial community along a groundwater salinity gradient of the Pearl River Delta, China》旨在研究珠三角地区地下水的微生物群落结构。

期刊名称：scientificreports
项目类型：微生物多样性

图片复现

登陆TUTU网站（https://www.cloudtutu.com/），输入账号密码（已填好），输入验证码即可登陆。点击“全部工具”，找到相应分析即可作图！

1.文献中所用的方法
数据库：Silva16SrRNA数据库
软件：
①Mothur软件进行Alpha多样性分析。
②利用微生物生态学定量洞察(Qiime1.7.0)的层次聚类和主坐标分析(PCoA)进行地下水样品的beta多样性分析。
③使用SPSS software (IBM Corp., Armonk, NY, USA)软件进行等级相关分析。
④CANOCO4.5软件进行冗余分析(RDA)。
⑤R绘制相关性热图。
⑥采用线性判别分析(LDA)评估每个微生物分类群的差异，进行Kruskal-Wallis检验，以确定海水和淡水之间的显著差异。
⑦通过重建未观察状态(PICRUST)对群落进行系统发育调查，对OTU序列进行归一化，并与KEGG数据库进行比较，以进行功能预测分析。

2.Alpha多样性
文献：
通过聚类和比对，基于97%阈值获得984个微生物OTUs，范围为364-634OTUs，表明采样点间微生物OTU数量存在显著差异。