在线作图丨微生物分析——alpha多样性指数分析

今天小编给大家分享的是alpha多样性指数分析的干货~

Question 1：什么是alpha多样性指数分析？
alpha多样性分析是微生物多样性分析中一个重要的组成部分，它主要关注局域均匀生境下的物种的多样性程度，对某个样品或多个样品进行物种丰度（Richness）和群落中个体分配的均匀度（Eveness）两个方面的研究。alpha多样性指数主要包括：Chao1、Ace、Shannon、Simpson、Richness、goods_coverage、Pielou、invsimpson等等。

Question 2：alpha多样性指数的含义？
① Richness-物种丰度；
②　Ace指数-评估群落中OTU数目；
③　Chao指数-用chao1算法估计样品中所含OTU数目；
④　Shannon指数-估算样品中微生物多样性；
⑤　Simpson指数-估算样品中微生物多样性；
⑥　Pielou指数-估算均匀度；
⑦　goods_coverage指数-评估测序结果是否代表样本中微生物的真实情况；
⑧　invsimpson指数-相对于simpson指数，同样可以评估物种多样性水平的均匀的群落丰度；