Case Study. GO Enrichment

最新推荐文章于 2023-04-25 01:11:02 发布
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Case Study. GO Enrichment

  1. 安装包的时候出现的报错
install.packages(Needed, repos = 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN')

在这里插入图片描述解决方案：番蔷
参考博客

  1. 使用如下代码安装Bioconductor来源的package时没有反应
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")

参考博客

R语言一次加载多个包
加载多个包时，笨重的写法如下：

 library(tidyverse)
library(ggthemes)
library(lubridate)

简洁的写法如下：

install.packages("pacman") # pacman包如果已经安装则不需要这句
pacman::p_load(tidyverse, ggthemes, lubridate) #如果其中有包未安装，则该条命令会安装并加载它
  1. GO富集时候的背景基因？

结果保存为tsv格式：

 write.table (ego_ALL, file ="C:/Users/hp/Desktop/ego_ALL.tsv", sep ="\t", row.names =TRUE, col.names =TRUE, quote =TRUE)

参考资料：
R语言-基因功能富集分析
GO和Pathway富集分析的背景基因集
GO富集分析
GO富集分析示例

画图参考：click here
如何手动做GO分析（包含p值，p.adj的计算）

镰泽
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前面我们简单介绍过ggplot2画KEGG富集柱形图，其实GO富集结果的展示相对于KEGG来说要复杂一点点，因为GO又进一步可以划分成三个类。BP:biological process,生物学过程。MF:molecular function,分子功能。CC:cellular component, 细胞成分。因此在画图的时候，我们需要将这三类给区分开来。下面分别用了三种不同的方式来展示GO富...
功能的显著性分析——GO Enrichment Analysis
weixin_30300523的博客
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Gene Ontology（GO）是基因功能国际标准分类体系。GO富集分析是对差异基因等按GO分类，并对分类结果进行基于离散分布的显著性分析、错判率分析、富集度分析，得到与实验目的有显著联系的、低误判率的、靶向性的基因功能分类，该分类即导致样本性状差异的最重要的功能差别。在芯片的数据分析中，研究者可以找出哪些变化基因属于一个共同的GO功能分支，并用统计学方法检定结果是否具有统计学意义，从而...
GO富集分析——模式物种玉米
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goenrichment
[protocol]GO enrichment analysis
weixin_30919429的博客
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[protocol]GOenrichmentanalysis 背景： 什么是富集分析，自己可以百度。我到目前也没发现一个比较通俗易懂的介绍。直接理解为一种统计学方法就可以了。 用于查看显著性。 富集分析有很多种，最常见的是GO富集分析。也有pathway富集分析。[pathway的我目前不会啊 ::>_<:...
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coffeeii的博客
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生信学习之通路富集（一）
goEnrichment:使用 GOstats 和 GSEABase 计算 GO 浓缩测试的辅助函数
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去浓缩 使用 Bioconductor R 包GOstats和GSEABase计算 GO 富集测试的辅助函数 安装 # Source this R script to install goEnrichment and all dependencies: if (!require(devtools)) { install.packages("devtools") require(devtools) } packages <- c("GOstats", "GSEABase") if (length(setdiff(packages, rownames(installed.packages()))) > 0) { source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite(setdiff(packages, rownames(ins
How To... Evaluate SeqCap EZ Target Enrichment Data.pdf
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Evaluate SeqCap EZ Target Enrichment Data.pdf》指出本文档的主旨是指导用户如何评估SeqCap EZ目标富集数据。SeqCap EZ是一系列富集捕获产品，用于靶向测序。在生物信息学中，目标富集是指通过某种方法特异性地...
PyPI 官网下载 | regulon-enrichment-0.3.1a0.tar.gz
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《PyPI官网下载：regulon-enrichment-0.3.1a0.tar.gz——探索分布式环境中的Python库》 PyPI（Python Package Index）是Python开发者们分享和获取软件包的重要平台，它提供了丰富的Python库供全球用户下载和使用。...
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GOMA通过优化模型系统地揭示了功能相似的GO项群组，即功能相似的GO术语的GO模块，并通过富集分数对它们进行排名。 6. GOMA方法的优势：GOMA方法通过减少冗余简化了富集分析的结果，避免了功能相似项之间不一致的...
imi-enrichment-contact
05-09
亚胺富集接触 電話番号 をもつ 連絡先型输入JSON-LD中包含電話番号 をもつ 連絡先型对電話番号 をもつ 連絡先型规范化。 input.json { " @type " : "連絡先型" , "電話番号" : " ０３－５２５３－２１１１（内線...
GO富集分析示例
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GO是Gene Ontology的简称，是基因功能国际标准分类体系。它旨在建立一个适用于各种物种的，对基因和蛋白质功能进行限定和描述的，并能随着研究不断深入而更新的语言词汇标准。GO分为分子功能（Molecular Function）、生物过程（Biological Process）、和细胞组成（Cellular Component）三个部分。 富集分析主要用于差异基因在GO term的富集程度...
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target_gene_id "miRNA-gene interactions.txt")$EntrezID) # BiocInstaller::biocLite("clusterProfiler") # BiocInstaller::biocLite("org.Hs.eg.db") display_number = c(15, 10, 15) ## GO enrichment with clu
GO富集分析
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　　GO的主要用途之一是对基因组进行富集分析。例如，给定一组在特定条件下上调的基因，富集分析将使用该基因组的注释发现哪些GO术语被过度表示（或未充分表示）。 　　富集分析工具 　 用户可以直接从GOC网站的主页进行浓缩分析。此服务连接到PANTHER分类系统的分析工具，该分类系统使用GO注释进行最新维护。PANTHER分类系统在Mi H等人，PMID：23868...
WocEA——集富集分析 (Go enrichment analysis)，词频统计以及词云（Word Cloud）可视化于一体的软件
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集富集分析，词频统计以及词云（Word Cloud）可视化于一体的软件——WocEA软件推荐理由WocEA下载WocEA使用方法可视化本人亲测 推荐理由 经过亲测，实实在在的好用，有本地版和在线版（推荐下载本地版），软件不仅保留了传统word cloud的词频统计的功能，另外还有：富集分析简单方便，结果准确。词云图很新颖，用到文章里瞬间提升文章档次。词云中用颜色表示富集分析结果的p值，字体大小表示...
去东方，最好用的在线GO富集分析工具
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微信公众号：http://blog.genesino.comGeneOntology富集分析是是高通量数据分析的标配，不管是转录组、甲基化、ChIP-seq还是重测序，都会用到对一个或多个集合的基因进行功能富集分析。分析结果可以指示这个集合的基因具有什么样的功能偏好性，进而据此判断相应的生物学意义。GOEAST，去东方今天向大家推荐一款，中科院遗传所王秀杰老师组2008年发表的在线工具GOEAST，
vasp6.3.2安装包
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VASP（Vienna Ab-initio Simulation Package）是一个用于电子结构计算和量子力学-分子动力学模拟的软件包，由维也纳大学的Hafner小组开发。 它基于密度泛函理论（DFT）和赝势平面波基组，广泛应用于材料模拟和计算物质科学研究领域。VASP能够处理周期性和非周期性体系，包括金属、半导体、分子、晶体、掺杂体系、复合材料、纳米材料等，提供精确的电子性质预测和理化性质分析。由于其高效的大规模并行计算能力，VASP在国际上享有很高的声誉，是第一性原理计算领域最权威的软件之一。每年，以VASP作为科研工具发表的论文数量众多，包括在顶级科学期刊上发表的研究成果。物理与电子科学学院等多名教师使用VASP进行科研工作，并取得了多项研究成果。‌
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how to use the enrichplot pakcage for the Gene Ontology (GO) enrichment analysis in RNA-seq analysis? please provide five case studies including their codes and steps
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Enrichplot 包是一个用于可视化基因本体（GO）富集分析结果的 R 语言包。以下是五个案例研究及其代码和步骤： 1. Case 1: GO enrichment analysis of differentially expressed genes (DEGs) in breast cancer Code: ``` library(enrichplot) library(org.Hs.eg.db) library(clusterProfiler) # Load DEGs data data <- read.csv("breast_cancer_DEGs.csv") # Perform GO enrichment analysis ego <- enrichGO(data = data$Symbol, OrgDb = org.Hs.eg.db, ont = "BP", pvalueCutoff = .05, qvalueCutoff = .05) # Plot the results barplot(ego, showCategory = 10) ``` 2. Case 2: GO enrichment analysis of DEGs in liver cancer Code: ``` library(enrichplot) library(org.Hs.eg.db) library(clusterProfiler) # Load DEGs data data <- read.csv("liver_cancer_DEGs.csv") # Perform GO enrichment analysis ego <- enrichGO(data = data$Symbol, OrgDb = org.Hs.eg.db, ont = "MF", pvalueCutoff = .05, qvalueCutoff = .05) # Plot the results dotplot(ego, showCategory = 10) ``` 3. Case 3: GO enrichment analysis of DEGs in lung cancer Code: ``` library(enrichplot) library(org.Hs.eg.db) library(clusterProfiler) # Load DEGs data data <- read.csv("lung_cancer_DEGs.csv") # Perform GO enrichment analysis ego <- enrichGO(data = data$Symbol, OrgDb = org.Hs.eg.db, ont = "CC", pvalueCutoff = .05, qvalueCutoff = .05) # Plot the results cnetplot(ego, showCategory = 10) ``` 4. Case 4: GO enrichment analysis of DEGs in prostate cancer Code: ``` library(enrichplot) library(org.Hs.eg.db) library(clusterProfiler) # Load DEGs data data <- read.csv("prostate_cancer_DEGs.csv") # Perform GO enrichment analysis ego <- enrichGO(data = data$Symbol, OrgDb = org.Hs.eg.db, ont = "BP", pvalueCutoff = .05, qvalueCutoff = .05) # Plot the results vennpie(ego, showCategory = 10) ``` 5. Case 5: GO enrichment analysis of DEGs in colon cancer Code: ``` library(enrichplot) library(org.Hs.eg.db) library(clusterProfiler) # Load DEGs data data <- read.csv("colon_cancer_DEGs.csv") # Perform GO enrichment analysis ego <- enrichGO(data = data$Symbol, OrgDb = org.Hs.eg.db, ont = "MF", pvalueCutoff = .05, qvalueCutoff = .05) # Plot the results enrichMap(ego, showCategory = 10) ```
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