Python
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这个作者很懒,什么都没留下…
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腌制一坛美味的泡菜
四世同堂里有祁老太爷三个月平安无事咸菜缸,Python里有令龟叔直呼amazing的泡菜缸。所谓泡菜缸,是指Python的pickle(泡菜)模块。原创 2023-02-24 16:28:20 · 414 阅读 · 0 评论 -
利用Python实现“全部替换”功能
本文编写了一个函数replace_all(),该函数实现了Word“全部替换”功能。原创 2023-02-08 15:02:21 · 2883 阅读 · 0 评论 -
利用Python统计某段文本的不同类型字符数并打印以“?“结尾的句子
本文编写了一个函数Count(),该函数统计传入的长字符参数中汉字、数字、空格、其他字符和以"?"结尾的句子出现的次数并将以"?"结尾的句子打印出来。原创 2022-10-05 16:03:05 · 695 阅读 · 0 评论 -
利用Python查找参考序列中有几个motif
利用Python查找参考序列有几个motif原创 2022-10-01 11:30:03 · 768 阅读 · 0 评论 -
re正则表达式
re正则表达式 正则表达式是一个特殊的字符序列,能帮助用户检查一个字符串是否与某种模式匹配,从而达成快速检索或替换某个模式、规则的文本。等同于Word中的查找和替换功能。import retext='178,168,123456,9537,123456'print(re.findall('123456',text))#Out:['123456', '123456']1 认识正则表达式表1 匹配某一类字符的基本语法规则正则字符描 述.匹配除"\n"之外的任何单个字原创 2022-04-19 16:47:42 · 292 阅读 · 0 评论 -
利用VARNA来画tRNA的二级结构
1 tRNA的结构与功能 转运RNA(Transfer RNA),简称为tRNA,是由70~90个核苷酸组成的单链,tRNA的一级结构就是核苷酸的排列顺序,通过折叠形成二级结构,三叶草状。它是在细胞核中一小部分DNA上合成的,罗伯特·W·霍利在1965年提出了tRNA的三叶草模型,三叶草有三个褶皱,四个臂,即反密码子臂(anticodon arm),D臂(d arm),TΨC臂(tc arm)和氨基酸受体臂(amino acid acceptor arm)。除了这四个臂,还有一个可变臂(variable原创 2022-03-04 21:23:01 · 4776 阅读 · 1 评论 -
Numpy基础(三)——通用函数
通用函数,也可以称为ufunc,是一种在ndarray数据中进行逐元素操作的函数。1 一元通用函数 接收一个数组,返回一个数组。In [2]: arr=np.arange(10)In [3]: arrOut[3]: array([0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9])In [4]: np.sqrt(arr)Out[4]: array([0. , 1. , 1.41421356, 1.73205081, 2. ,原创 2022-02-26 10:48:40 · 669 阅读 · 0 评论 -
Numpy基础(二)——数组转置、计算内积和换轴
1 数组转置 转置是一种特殊的数据重组形式,可以返回底层数据的视图而不需要复制任何内容。利用数组的transpose方法或者数组的T属性实现。In [88]: arr=np.arange(15).reshape((3,5))In [89]: arrOut[89]: array([[ 0, 1, 2, 3, 4], [ 5, 6, 7, 8, 9], [10, 11, 12, 13, 14]])In [90]: arr.TOut[90]: ar原创 2022-02-25 09:08:58 · 3605 阅读 · 0 评论 -
利用Anaconda安装Python环境
下载Anaconda安装包https://www.anaconda.com/products/individual按流程安装个人电脑建议选择Just me,公用电脑集群用户选择All user;安装目录默认为C盘,建议放在D盘下;在Advanced Installation Options界面,有两个选项,Add Anaconda to my PATH environment variable默认为不选,建议选上。环境变量找到Anaconda的安装目录保存该地址:D:\原创 2022-02-09 12:50:08 · 1263 阅读 · 0 评论 -
利用Python进行数据分析 | NumPy基础(一)—— NumPy ndarray(多维数组对象)
NumPy基础:数组与向量化计算NumPy,是Numerical Python的简称,它是利用Python进行数值运算的最为重要的基础包。重要的原因可以归纳为三点:可以有效的处理含有大量数组的数据。NumPy的算法是基于C语言编写的,NumPy数组使用的内存量小于其他的Python内建序列。NumPy可以针对全量数组进行复杂计算而不需要使用Python循环。下面的例子将展示NumPy的不同,定义一个NumPy数组,里面存放着1M个整数,再定义一个列表,同样存放着1M个整数,将这两个序列同时乘原创 2022-01-14 21:18:32 · 1717 阅读 · 0 评论 -
利用Python进行数据分析 | 文件
文件利用Python处理文件非常简单,打开文件进行读取或写入,需要使用内建函数open和绝对、相对路径。path='./example.txt'f=open(path)lines=[x.rstrip() for x in open(path)]In [10]: linesOut[10]: ['good morning', 'good afternoon', 'good evening']#当使用open来创建文件对象时,结束操作时关闭文件时非常重要的,关闭文件将资源释放回操作系统:f.clo原创 2021-12-23 16:20:09 · 1458 阅读 · 0 评论 -
利用Python进行数据分析 | 函数
函数函数是Python中最重要、最基础的代码组织和代码复用方式。def my_fuction(x,y,z=2) if z >=1 : return z * (x+y) else: return z / (x+y)x,y为位置参数,z为关键字参数,关键字参数必须跟在位置参数之后(如果有的话),传参时,可以使用关键字参数向位置参数传参。my_fuction(2,3)my_fuction(2,3,5)my_fuction(x=2,y=3,z=5) #原创 2021-12-22 21:44:19 · 653 阅读 · 0 评论 -
利用Python进行数据分析 | 数据结构和序列
数据结构和序列本文简要介绍Python的常用数据结构:元组、列表、字典和集合。元组元组是一种固定长度、不可变的Python对象。列表列表是长度可变、内容可修改的Python对象。内建序列函数enumerate函数for i,value in enumerate(collection):利用enumerate函数,可以在遍历一个序列的同时追踪当前元素的索引,value是元素的值,i是元素的索引。sorted函数sorted函数返回一个根据任意序列中的元素新建的已排序列表:In原创 2021-12-21 21:42:23 · 827 阅读 · 0 评论 -
利用Python进行数据分析 | 环境搭建与基础扫盲
Python环境搭建利用Anaconda安装python环境,Spyder,IPython与Jupyter Notebookhttp://anaconda.com/downloads #Windows下载网址Spyder类似于R语言的RStudio。在Spyder里安装python模块打开Anaconda Promptpip install 模块名称(biopython)IPython交互性的Python解释器。运行ipython命令行示例import numpy a原创 2021-12-20 21:36:35 · 460 阅读 · 0 评论 -
python | cds转pep传参脚本
'''Auther:Qi GuangyuanData:2021-12-3Contact:qiguangyuan0406@163.comScript Use argparse to pass in command line parameters'''import argparseparse=argparse.ArgumentParser(description='Input and output file path.')parse.add_argument('--input','-i',h原创 2021-12-03 16:04:48 · 649 阅读 · 0 评论 -
python | argparse模块基础语法记录
'''Auther:Qi GuangyuanData:2021-12-3Contact:qiguangyuan0406@163.comStudy Script:Use argparse to pass in command line parameters'''import argparse'''We call this method as the parameter parser method,and its use can be divided into three basic step原创 2021-12-03 11:00:54 · 290 阅读 · 0 评论 -
python | 计算数值文本某一列最小值,将该列原数值加上该最小值
在用dn,ds计算w值时,如果ds(分母)的值为0,那就没法计算了,现在想通过将所有ds值加上大于0的最小值,作为新的ds值,可以通过下面的python脚本实现。该脚本为一个传参脚本,需要在cmd下运行,格式如下:python ds.py --input xx.txt --output xx.txt--input 为输入文件的路径与文件名--output 为输出文件的路径与文件名原代码:import argparseparser = argparse.ArgumentParser(desc原创 2021-11-24 21:40:48 · 793 阅读 · 0 评论 -
Python|将CDS序列转为PEP序列
有蛋白编码基因的核苷酸序列,想要转化成对应的氨基酸序列,可以利用Python的Biopython Module来实现。提取核苷酸序列信息 原始的保存着核苷酸序列的fasta文件里还有着序列的id等说明信息,我们只需要核苷酸序列,可以用for循环遍历每一行,将偶数行输出到一个新的文本文档中。# opening the filefile1 = open('D:/.../PCGs/cytb/cytb.fas', 'r')# creating another file to store eve原创 2021-09-17 21:48:16 · 1874 阅读 · 3 评论