HiC
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这个作者很懒,什么都没留下…
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HiC-Pro | HiC数据处理工具
一、HiC-ProHiC-Pro官网https://github.com/nservant/HiC-Pro下载软件包git clone https://github.com/nservant/HiC-Pro.git利用conda配置软件运行环境conda env create -n hicpro -f /gss1/home/tri01/software/HiC-Pro/environment.ymlHiC-Pro的编译安装修改config-install.txt和con原创 2021-10-22 16:59:51 · 3898 阅读 · 1 评论 -
HiCPlotter|HiC数据可视化工具
HiCPlotter简介 HiCPlotter基于Python开发的将HiC数据可视化的工具。官方网站链接如下:https://github.com/kcakdemir/HiCPlotter利用conda搭建HiCPlotter的环境conda create -n hicplotterconda activate hicplotter HiCPlotter的环境依赖1.Python 2.7.*2.Numpy(1.9.0,1.9.2,1.10.4)3.Scipy(0.14..原创 2021-09-16 21:25:14 · 3856 阅读 · 0 评论 -
HiC|高通量染色体构象捕获技术
一、什么是HiC HiC(High-throughput chromosome conformation capture)是高通量染色体构象捕获技术的英文简称。HiC数据可以将scaffolds锚定到染色体上,即将基因组组装到染色体水平。二、HiC的实验流程 HiC实验操作简单、成本较低、实验周期较短,但是由于技术本身的限制,存在着噪声大、有效数据率较低的问题。下图清晰的展示了HiC的实验流程。图1 HiC实验流程交联 加入甲醛,甲醛能在常温下与氨基或羟基发生化学反应,将DNA与蛋白原创 2021-07-31 16:54:28 · 6138 阅读 · 0 评论 -
Cworld|HiC数据的处理软件的下载安装
一、Cworld是什么?Cworld是对HiC数据进行处理分析的一款软件,是基于perl语言开发的。二、安装步骤1.安装克隆使用git clone命令将Cworld下载到服务器上,地址:https://github.com/dekkerlab/cworld-dekker.如果git clone不成功,可先将安装包下载到本地,再通过winSCP传输到服务器上。2.编译安装代码如下:cd cworld-dekkerperl Build.PL./Build./Build install -原创 2021-07-24 22:08:16 · 1562 阅读 · 0 评论