dotter|打点法进行序列两两比较软件

1.dotter是什么

  dotter是利用打点法进行序列两两比对的可以在Windows操作系统下运行的软件。

2.dotter下载链接

https://sonnhammer.sbc.su.se/download/software/dotter/old_releases/windotter.zip

3.dotter运行

win + R
cmd
cd /d D:\path\Dotter
dotter.exe 1.fas 1.fas

4.查看结果
在这里插入图片描述
  dotter运行结果有三个窗口,通过调整颜色设置的窗口,可以快速找到成对角线的区域,连续的对角线及对角线的平行线代表两条序列中相同的区域。

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可以使用 Docker Compose 来部署 Otter-Server 并将数据写入 ClickHouse。具体步骤如下: 1. 创建 Docker Compose 配置文件: 在任意目录下创建一个名为 `docker-compose.yml` 的文件,并添加以下内容: ``` version: '3' services: otter-server: image: alibaba/otter ports: - "8080:8080" - "1099:1099" - "2088:2088" environment: JAVA_OPTS: "-Dfile.encoding=UTF-8 -server -Xmx2g -Xms2g -Xmn512m -Xss256k -XX:+HeapDumpOnOutOfMemoryError -XX:HeapDumpPath=/data/heapdump" volumes: - ./otter/data:/data - ./otter/logs:/logs command: ["/data/otter/bin/startup.sh"] depends_on: - clickhouse networks: - otter clickhouse: image: yandex/clickhouse-server ports: - "8123:8123" volumes: - ./clickhouse/data:/var/lib/clickhouse - ./clickhouse/config:/etc/clickhouse-server networks: - otter networks: otter: ``` 其中,`./otter/data` 和 `./otter/logs` 是宿主机器上存储 Otter-Server 数据和日志的路径,`./clickhouse/data` 和 `./clickhouse/config` 是宿主机器上存储 ClickHouse 数据和配置文件的路径。你可以自行修改路径。 2. 创建 ClickHouse 表: 在 `./clickhouse/config/users.xml` 文件中添加以下内容: ``` <profiles> <default> <quota>default</quota> <max_memory_usage>5000000000</max_memory_usage> </default> </profiles> <users> <default> <password></password> <networks incl="networks" replace="replace"> <ip>::/0</ip> </networks> <profiles> <default></default> </profiles> </default> </users> <quotas> <default> <interval>60</interval> <queries>0</queries> <errors>0</errors> <result_rows>0</result_rows> <read_rows>0</read_rows> <execution_time>0</execution_time> <memory>0</memory> </default> </quotas> <macros> <shard>1</shard> </macros> <clickhouse_remote_servers> </clickhouse_remote_servers> <clickhouse_dictionaries> </clickhouse_dictionaries> <clickhouse_table_engines> <odbc> <read_only>0</read_only> <database>default</database> <table>otter_test</table> <connection_string>DSN=clickhouse;DATABASE=default;UID=default;PWD=</connection_string> <data_source_name>clickhouse</data_source_name> <odbc_driver>clickhouse-odbc</odbc_driver> </odbc> </clickhouse_table_engines> ``` 其中,`otter_test` 是 ClickHouse 中的表名,可以自行修改。然后,执行以下命令启动 ClickHouse: ``` docker-compose up clickhouse ``` 在启动完成后,可以使用以下命令进入 ClickHouse 控制台: ``` docker-compose exec clickhouse clickhouse-client ``` 然后,可以使用以下命令创建表: ``` CREATE TABLE otter_test ( id UInt32, name String, age UInt8, PRIMARY KEY (id) ) ENGINE = ODBC('dsn=clickhouse;database=default;table=otter_test;uid=default;pwd='); ``` 3. 配置 Canal: 在 `./otter/data/conf/otter.properties` 文件中添加以下配置: ``` otter.canal.zookeeper.cluster=zookeeper:2181 ``` 然后,在 `./otter/data/bin/otter-admin.sh` 文件中添加以下配置: ``` set OTTER_OPTS="$OTTER_OPTS -Dotter.canal.zookeeper.cluster=zookeeper:2181" ``` 4. 启动 Otter-Server: 使用以下命令启动 Otter-Server: ``` docker-compose up otter-server ``` 至此,Otter-Server 就可以将数据写入 ClickHouse 中了。

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