HiC-Pro | HiC数据处理工具

最新推荐文章于 2024-04-27 10:09:24 发布
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分类专栏： 生物信息 HiC 文章标签： 生物信息学
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本文链接：https://blog.csdn.net/qq_50637636/article/details/120827491
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本文详细介绍了如何使用HiC-Pro处理HiC数据，包括HiC-Pro的安装、运行文件准备、配置文件修改及常见问题解决，涉及bed、table、bowtie2索引的创建等步骤。
摘要由CSDN通过智能技术生成

一、HiC-Pro

  1. HiC-Pro官网
https://github.com/nservant/HiC-Pro
  1. 下载软件包
git clone https://github.com/nservant/HiC-Pro.git
  1. 利用conda配置软件运行环境
conda env create -n hicpro -f /gss1/home/tri01/software/HiC-Pro/environment.yml
  1. HiC-Pro的编译安装
修改config-install.txt和config-system.txt文件下的路径
make configure
make install

二、运行文件准备

  1. 准备三个文件：bed、table、bowtie2构建的索引，bed、table文件格式可以参考HiC-Pro软件安装包annotation目录下的人类和小鼠的.bed和.sizes文件。
    bed文件由保存着基因组数据的fasta文件，经过digest_genome.py的python脚本处理得到，具体命令为：python digest_genome.py -r ^GATC -o Tden_mobi.bed Tden.genome.fasta。
    索引文件利用bowtie2得到，具体命令为： bowtie2-build Tchi.fasta tc
    #第一个Tchi.fasta代表输入的参考序列
    #第二个tc代表输出的索引文件前缀
    #产生六个.bt2新文件
    table文件保存着每条contig的长度，可以利用samto
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专栏目录
生信软件-- HiC PRO使用
Kenina_Xie的博客
02-06 670
生信软件学习--HiC-PRO的使用
Hic-Pro的安装
weixin_63003874的博客
10-21 2561
HiC-Pro是目前比较流行的HiC数据标准化处理工具之一，其流程主要分为6个步骤，比对、过滤HiC比对结果、检测有效HiC序列、结果合并、构建HiC关联图谱以及关联图谱标准化。
Hic-Pro安装
weixin_56827666的博客
05-07 1096
HiC-Pro的作用是把测序文件输出为标准互作图谱，软件非常灵活，不仅可以处理各种不同建库方式的Hi-C数据，也可以处理capture Hi-C数据。昨天安装Hic-Pro软件安装了一天，又是安装R，又是配置Python包，又试了是Conda，还是出问题，总是找不Python依赖：Can not proceed without the required Python libraries, please install them and re-run如下图：晚上给课题组做生信的老师说了一下情况，老师一会就安好
HiC-Pro:在这里临
05-14
HiC-Pro 针对Hi-C数据处理的优化且灵活的管道 在找到文档和示例。 有关HiC-Pro的任何问题，请联系或使用 什么是HiC-Pro？ HiC-Pro旨在处理Hi-C数据，从原始的fastq文件（配对末端的Illumina数据）到规范化的联系图。 它支持主要的Hi-C协议，包括消化协议以及不需要限制性酶的协议，例如DNase Hi-C。 实际上，HiC-Pro已成功应用于许多数据集，包括稀释Hi-C，原位Hi-C，DNA酶Hi-C，Micro-C，捕获C，捕获Hi-C或HiChip数据。 管道是灵活的，可伸缩的和优化的。 它既可以在一台笔记本电脑上运行，也可以在计算集群上运行。 HiC-Pro是顺序的，工作流的每个步骤都可以独立运行。 HiC-Pro包括迭代校正方法的快速实现（有关更多信息，请参见）。 最后，HiC-Pro可以使用定相数据来构建。 如果您使用HiC-Pro，
HiC-Pro安装
hzau_t的博客
09-18 218
可以发现在此环境中配置了python=3.8.10 scipy numpy iced bx-python pysam cooler。如果是手动下载依赖环境，则需要指定依赖环境的路径，配置config-install.txt。将下载好的.sra数据用fastq-dump转换成fastq或fastq.gz保存在。但是逐个去安装依赖环境非常复杂，因此官网提供了yml文件，便于配置环境。根据HiC-pro Github官网指南，我们可以知道需要以下依赖。使用which命令查找路径。
探索HiC-Pro：高效处理Chromosome Conformation Capture数据的利器
最新发布
gitblog_00051的博客
04-27 639
探索HiC-Pro：高效处理Chromosome Conformation Capture数据的利器 项目地址:https://gitcode.com/nservant/HiC-Pro 项目简介 HiC-Pro是一个开源的、高效的软件工具，主要用于处理Chromosome Conformation Capture（3C）相关的实验数据，包括Hi-C、ChIA-PET和single-cell ...
HiC-Pro:灵活的Hi-C数据处理软件
庐州月光的博客
05-22 2492
欢迎关注”生信修炼手册”!HiC-Pro是一款高效的Hi-C数据分析软件，提供了从原始数据到归一化之后的HI-C图谱构建的完整功能，运行效率高，用法简便。该软件对应的文章链接如下http...
HiC-Pro实战详解
庐州月光的博客
05-23 3085
欢迎关注”生信修炼手册”!HiC-Pro软件非常灵活，不仅可以处理各种不同建库方式的Hi-C数据，也可以处理capture Hi-C数据。软件安装过程如下yum install -y e...
HiC-Pro详细安装教程
lyyaaaaa的博客
12-01 1428
最近在服务器上安装hic-pro，借鉴了网上很多教程，遇到了很多问题，在此记录一下。
HiCPro安装及使用
m0_48497914的博客
10-29 1204
HiCPro安装及使用
超超超完整hicpro安装和使用教程
lyyaaaaa的博客
12-13 2588
上一篇博文记录了hicpro在服务器的安装教程，各种依赖都是手动安装，这篇换了一种方法实现，原理都是一样的。3. 进入HiC-Pro-3.1.0配置config-install.txt。11. 配置config-hicpro文件，复制到hictest项目文件夹下。1. 下载并解压安装包（/student2/software）12. conda 安装 aspera（用于快速下载数据）此时多了一个config-system.txt。7. 配置环境变量（退出虚拟环境）如有问题欢迎批评指正！8. 下载参考基因组。
HiC-Pro: Hi-C数据预处理高效工具
xuzhougeng blog
08-26 3402
本文可在http://xuzhougeng.top/archives/HiC-Pro-An-optimized-and-flexible-pipeline-for-Hi-C-data-processing免费阅读 HiC-Pro是一个高效率的Hi-C数据预处理工具，能够应用于dilution Hi-C, in situ Hi-C, DNase Hi-C, Micro-C, ca...
生信软件安装教程： HiC-Pro安装教程
Kenina_Xie的博客
02-03 618
生信软件安装教程： HiC-Pro安装教程
HIC测序数据生信分析——第二节，预处理HIC数据
weixin_44616693的博客
09-20 2329
修改7：/home/zhaohuiyao/Genome_hic/baimaike/01Cleandata/Unknown_BM942-001H0001_1_val_1.fq和/home/zhaohuiyao/Genome_hic/baimaike/01Cleandata/Unknown_BM942-001H0001_2_val_2.fq。结果文件：Unknown_BM942-001H0001_1_val_1.fq和Unknown_BM942-001H0001_2_val_2.fq。
使用ALLHiC基于HiC数据辅助基因组组装
xuzhougeng blog
11-06 8125
使用ALLHiC基于HiC数据辅助基因组组装 基因组组装大致可以分为三步（1）根据序列之间的重叠情况构建出contig，（2）基于二代的mate pair文库或光学图谱将contig搭建成scaffold，（3）对scaffold进行排序和调整方向得到最终的准染色体级别的基因组。 目前的三代测序组装能够搞定第一步和第二步。而在将contig/scaffold提升至准染色体水平上，有4种方案可选。一...
HIC测序数据生信分析——第一节，总体概述
weixin_44616693的博客
09-20 1042
HIC测序的目的的研究染色体交联情况。我测序目的是De novo基因组测序组装，将contig基因组序列挂在到人工染色体上。HIC测序的难点是建库，测序类型：二代双端测序。我的情况下，测序数据量是基因组大小的100倍左右。找公司测序，需要咨询清楚，我有两个公司，一个是建库后，先试测1~2G数据量，然后计算HIC有效率（Hicup软件），一般需要达到20%以上算合格，再测完整数据量。另一个直接测完整数据量，然后比较坑。
HiC-Pro的使用 ｜ HiC辅助基因组组装（一）
Xingze_Li
07-19 6135
定义 之前的文章中有介绍过，HiC常用的几款软件的原理内容。可以点击链接访问了解一下 在这里不做赘述。 软件安装 新版本 建议使用目前最新的3.0.0版本（需要root权限） 安装方法如下： # 创建conda环境 conda create -y -n hic-pro python=3.7 pysam bx-python numpy scipy samtools bowtie2 iced # 下载HiC-Pro最新版本 wget https://hub.fastgit.org/nservant/HiC
hicpro在mergeSAM报错的检查过程
m0_55807085的博客
03-18 2083
hicpro.out $ cat r_hicpro.out Run HiC-Pro 3.0.0 -------------------------------------------- Wed Mar 17 10:45:59 CST 2021 Bowtie2 alignment step1 ... Logs: logs/sample/mapping_step1.log -------------------------------------------- Wed Mar 17 13:05:18 CS
hic-yolov5
10-30
hic-yolov5 是一个基于 YOLOv5 算法的目标检测模型。 YOLOv5 是一个轻量级的目标检测算法，它是 YOLO（You Only Look Once）系列算法的第五个版本。与之前的版本相比，YOLOv5 采用了一些新的技术和改进，提高了检测精度和速度。 hic-yolov5 是基于 YOLOv5 官方代码进行的优化和改进。它主要包括以下几个方面的改进： 1. 模型结构优化：hic-yolov5 对原始的 YOLOv5 模型结构进行了精简和优化，减少了模型参数和计算量，提高了模型的性能和速度。 2. 数据增强策略：hic-yolov5 引入了一些新的数据增强技术，如 CutMix、Mosaic 等，提高了模型对于小目标和重叠目标的检测能力。 3. 训练策略优化：hic-yolov5 通过改进训练策略，如增加训练轮数、调整学习率等，提高了模型的收敛速度和稳定性。 4. 推理性能优化：hic-yolov5 通过优化模型推理过程中的计算流程和内存占用，进一步提高了模型的推理速度和效率。 总体来说，hic-yolov5 在保持 YOLOv5 算法优点的基础上，通过模型结构优化、数据增强策略、训练策略优化和推理性能优化等方面的改进，使得目标检测模型在精度和速度上都有明显的提升。它可以应用于各种需要目标检测的场景，如智能监控、自动驾驶、人脸识别等。
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