一、HiC-Pro
- HiC-Pro官网
https://github.com/nservant/HiC-Pro
- 下载软件包
git clone https://github.com/nservant/HiC-Pro.git
- 利用conda配置软件运行环境
conda env create -n hicpro -f /gss1/home/tri01/software/HiC-Pro/environment.yml
- HiC-Pro的编译安装
修改config-install.txt和config-system.txt文件下的路径
make configure
make install
二、运行文件准备
- 准备三个文件:bed、table、bowtie2构建的索引,bed、table文件格式可以参考HiC-Pro软件安装包annotation目录下的人类和小鼠的.bed和.sizes文件。
bed文件由保存着基因组数据的fasta文件,经过digest_genome.py的python脚本处理得到,具体命令为:python digest_genome.py -r ^GATC -o Tden_mobi.bed Tden.genome.fasta。
索引文件利用bowtie2得到,具体命令为: bowtie2-build Tchi.fasta tc
#第一个Tchi.fasta代表输入的参考序列
#第二个tc代表输出的索引文件前缀
#产生六个.bt2新文件
table文件保存着每条contig的长度,可以利用samto