表达矩阵处理0值-R语言去除含特定数目0值的行

我们在处理转录组或蛋白质组数据的时候，经常会遇到处理0值的问题，但是有的时候我们并不想处理全部的0值，而是有所保留，比如15个样本去除含80%以上0值的行（也就是去除含超过12个0的行）

比如这样，一行里只有几个数据，其他都是0，肯定是不能用的：

我们简单一点，直接上代码

#读取矩阵，row.names = 1使得第一列作为索引，一般是基因名
protein <- read.csv("C:/Users/Huzhuocheng/Desktop/CDS_count1.csv", row.names = 1, check.names = FALSE)
# 计算每行中0的数量
row_sums <- rowSums(protein == 0)
# 创建一个新的数据框，只包括那些不超过3个0的行
#14647-13903=744
filtered_data <- protein[row_sums <= 3, ]
# 将结果写入新的CSV文件，row.names = T使得基因名列被输出
write.csv(filtered_data, "C:/Users/Huzhuocheng/Desktop/filtered_data.csv", row.names = T)

这样我原本的14647个基因，筛选后剩下13903个，这13903个基因每行不超过3个0

当然，在转录组或蛋白质组中出现0，我认为有几个原因：

（1）收样问题，可能会出现几重复中，如4重复里，有两个有，另外两个是0

（2）未表达：如一个组的几个重复里都是0，那一般是这个基因未表达

（3）拼接问题：也可能会有转录本没对上，不过出现这样的问题，0的异常是很明显的

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