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RSS订阅原创 几种国内芯片测序格式和 Affymetrix 位点集格式的对比
前3篇文章都是对比和 Illumina 芯片有关的原始数据格式，这篇则直接比较和 Affymetrix 芯片有关的原始数据格式。目前国内常见的测序机构里，23魔方主要使用与 Affymetrix 有关的定制芯片，据说新版也用了 Illumina 定制芯片，但真实性未知。而其他测序公司比如微基因、各色等，基本都使用或者改用 Illumina 的芯片（微基因的1.0版用 Affymetrix 的定制芯片）。而国外常见的5家（23andMe、Ancestry、FTDNA、LivingDNA、MyHeritag
2021-09-17 02:26:51
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原创 几种国内芯片测序格式和 Illumina HumanHap 位点集格式的对比
上一篇文章因为数据量比较大，所以我在此打算单独开篇展示统计的与 Illumina HumanHap 有关的芯片原始文件转化。国外的5家常见测序公司里只有 23andMe 的V1和V2使用的位点集和 HumanHap 550 有关的（其中V1版本未找到）。数据见如下的图中：1.国内格式转国外与 HumanHap 相关格式的转化率图（按基因位点位置转化）2.国内格式转国外与 HumanHap 相关格式的未检出位点数图3.上述格式跑一些祖源计算器的理想利用率图（这里的原始数据文件第4列都填满了纯
2021-09-16 20:54:16
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原创 几种国内芯片测序格式和 Illumina Omni 位点集格式的对比
国外的一些测序公司曾经使用过与 Illumina Omni 有关的定制芯片，比如 23andMe（V3）、Ancestry（V1&V2）、FTDNA（V2，部分统计来源则对应V1）、MyHeritage（V1）等，它们至今仍拥有很高的性价比。对此，我也做了一些对比图，其中涉及了 Omni 家族的 OmniExpress、Omni1 Quad 和 Omni 中华8 ，未涉及 Omni 家族的 Omni2.5 和 Omni5，也未涉及各自对应的外显子组格式，感兴趣的用户可以到Illumina的官网自行下
2021-09-16 17:59:31
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原创 几种国内芯片测序格式和 Illumina GSA 位点集格式的对比
近几年内，很多国外测序公司（比如23andMe、FTDNA等），他们将类似于 Illumina Omni Express 芯片或其他的位点集替换成了类似于 Illumina GSA 芯片的位点集，且它们一般体现为定制芯片数据。特此，我做了一些对比图，以方便查找哪些芯片格式更接近 GSA（Global Screening Array）的位点集。为了方便对比，我也加入了几种近似于GSA位点集的对照格式。（以下数据皆用DNA Kit Studio V2.8转化）1.国内格式转国外与 GSA 相关格式的
2021-09-15 14:35:32
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Eurogenes Global25 nMonte的R语言源程序
2022-10-03
空空如也
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