肿瘤早筛有望实现新的突破

 

肿瘤的发生与人类基因组的变化有密不可分的关系，其实，微生物和病毒的也和癌症发生有着千丝万缕的联系，例如胃癌的发生和EBV病毒感染直接存在关联关系，HPV感染也可能导致宫颈癌的发生。2020年3月11日，Nature期刊发表了一篇基于微生物与肿瘤发生的文章，美国加利福尼亚大学圣地亚哥分校的科研人员，整理了TCGA(癌症基因组数据库）33种癌症中的18116个样本的全基因组和全转录组的数据，利用机器学习的方法建立了基于微生物基因组作为分类模型，发现了在不同类型的癌症中标志性的微生物标志物，这些标志物在肿瘤的早期（Ia-IIc）检测中也具有很好的预测效果。

 

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总结：

目前，肿瘤早筛技术中应用的主要方法包括DNA甲基化，突变，CNV，外泌体，蛋白等几个维度的marker，由于癌症早期血液中ctDNA含量很低，因此在基于早期的marker筛选过程中需要解决的问题还有很多，如克隆性造血造成的假阳性问题，本篇文章从新的角度发现了在肿瘤早筛中可以值得研究的新的marker，当然，检测血液中的微生物需要考虑到环境中微生物污染的问题，同时基于全基因组的方法中由于人的基因组占比较大（90%以上），这些问题都还需要进一步的研究。

 

参考资料：

Rob Knight et al. Microbiome analyses of blood and tissues suggest cancer diagnostic approach. Nature. 2020. DOI https：//doi.org/10.1038/s41586-020-2095-1

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