rockylinux9.4安装amber24 cpu并行版

The following command should get you all the necessary packages to get Amber to compile:

dnf -y install tcsh make \
               gcc gcc-gfortran gcc-c++ \
               which flex bison patch bc \
               libXt-devel libXext-devel \
               perl perl-ExtUtils-MakeMaker util-linux wget \
               bzip2 bzip2-devel zlib-devel tar cmake

上传Amber24.tar.bz2 和AmberTools24.tar.bz2到服务器，这两个文件官方免费下载，不过我中午没成功，下午才成功的。我是上传到个人用户中的。如下：

/home/test/

解压ambertool24和amber24

tar xvfj Amber24.tar.bz2 
tar xvfj AmberTools24.tar.bz2

两个文件都会被解压到/path/to/amber24_src文件夹中

cd /home/test/amber24_src/build

编译串行版本

./run_cmake
make -j 2 #根据自己机器核数来改写数字，越大越快，出现莫名其妙的错误就改小
make install

sudo nano ~/.bashrc #编辑当前用户环境变量，将下面内容加入最下面即可
test -f /home/test/amber24//amber.sh && source /home/test/amber24//amber.sh
export AMBERHOME=/home/test/amber24

source ~/.bashrc

编译并行版本
上传openmpi到个人用户目录，我的为/home/test/
我用的当前最新版本的openmpi-5.0.3
解压到src目录下

tar zxvf openmpi-5.0.3.tar.gz -C /home/test/amber24_src/AmberTools/src/

cd /home/test/amber24_src/AmberTools/src/
./configure_openmpi gnu

修改run_cmake参数

cd /home/test/amber24_src/build
sudo nano run_cmake

注意修改linux段

将-DMPI=FALSE改为TRUE

./run_cmake
make -j 2 #由于我是虚拟机所以数字很小，根据自己机器酌情改大
make install

安装完以后大概是下面这个样子

参考：
https://ambermd.org/InstCentOS.php
https://blog.csdn.net/qq_33953882/article/details/113995531
编译显卡串行和并行大概也差不多步骤。