燃石早筛进展个人学习文章1-cfDNA液体活检早筛应用综述及PROMISE队列结果-CSDN博客

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燃石早筛进展个人学习文章1

1、基于cfDNA的液体活检在癌症早检中的进展（综述）
2、中国首个前瞻性、多癌种液体活检多组学概念验证性研究（PROMISE）初步结果
3、参考文献

1、基于cfDNA的液体活检在癌症早检中的进展（综述）

文章系统梳理了基于细胞游离DNA（cell free DNA，cfDNA）的液体活检技术在各癌种早期检测中的临床应用，并介绍了癌症早检生物标志物临床验证的关键阶段，让我们看到并可期待通过一管血即可进行早期癌症筛查的癌症诊疗新时代。

文章链接：https://doi.org/10.1016/j.xinn.2022.100259

1.1 主要结论

（1）液体活检好，微创、用户使用友好，还可以对多种癌症组织进行组织溯源；

（2）先进的技术使得cfDNA检测在癌症早期检测中应用；

（3）cfDNA检测适当改进，并通过临床试验验证，有进入到临床实际应用的潜力；

（4）cfDNA检测在不同癌症、临床场景中需要不同的开发、应用策略，需要开发者权衡利弊。

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1.2 背景铺垫

1.2.1 早筛重要性

美国SEER数据库数据显示，诊断时已经转移的晚期癌症患者，5年死亡率高达79%，而未转移患者的5年死亡率为11%。

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1.2.3 癌筛七子

（1）肿瘤早筛概念

2020年，美国国家癌症研究所对癌症检测和诊断提出了新的方向：基于液体活检的癌症早检（Early Detection）。癌症早检包含了癌症筛查（Screening）和诊断（Diagnosis），目的是发现早期癌症，甚至癌前病变。

（2）血里面跟癌症相关的主要有七种信号

（3）常用的3种

基于cfDNA的癌症早检是目前的主流研究方向，包括循环肿瘤DNA（ctDNA）突变、DNA片段化（Fragment）及DNA甲基化 (Methylation)。

ctDNA突变：用作早筛，会比MRD的测序深度还要高。① 假阳性不可避免，来自于测序误差，或患者本身克隆性造血。② panel测序无法实现组织溯源，除非癌种跟基于有极强相关性。③ 部分癌种在早期释放的cfDNA非常少，比如肾癌。

DNA片段化：受制于目前的测序方法，成本高、捕获信息也低，限制了其应用。

DNA甲基化：甲基化会发生在癌症早期，位点种类多样而且具有组织特异性，信号也强，是现阶段的理想指标。
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1.3 基于cfDNA的液体活检在癌症早期检测中的应用

下图主要说明，基于外周血的液体活检癌症早检技术可检测到早期癌症并能实现准确组织溯源。紫色是目前还没有推荐筛查方法的癌症。
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基于DNA甲基化特征的癌症组织溯源能力显著优于拷贝数变异及突变特征

通过对TCGA 33个癌症基因组学的分析可以看到，DNA甲基化具有较高的组织特异性，相比基因拷贝数变异和突变具有更为准确的组织溯源能力。

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B图显示了不同癌种中高甲基化区域、低甲基化区域的情况;

1.4 基于 cfDNA 的生物标志物在癌症早期检测和起源组织方面的进展

这些标志物在某些癌种的表现结果并不差，但不是作者主要想表达的路线，供了解。

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另外补充一张其他图，来源于《中华健康管理学杂志》上一篇《液体活检在癌症筛查中的现状及展望》，如果不清晰，可直接阅读参考文献。
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1.5 基于cfDNA甲基化靶向测序技术在多癌种早检中的研究进展

经过前期探索，基于cfDNA甲基化靶向测序技术的性能在中国人群中得到初步验证。由上海复旦大学附属中山医院樊嘉院士、高强教授团队与燃石医学合作的中国首个前瞻性、盲法、独立验证研究（THUNDER)，在肺癌、肠癌、肝癌、卵巢癌、胰腺癌和食管癌6大癌种中达到98.9%的特异性和69.1%的敏感性以及83.2%的组织溯源准确性。

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1.6 癌症早检生物标志物临床验证的三大关键

新型诊断生物标志物（基于 cfDNA 的液体活检）在获得法规批准之前应考虑的三大关键临床阶段：

1）检测方法的开发和验证，包括病例对照队列中的分析验证和临床验证；

2）在预期用途人群中进行的小样本前瞻性可行性研究，涉及敏感性、特异性、阳性预测值（PPV）和阴性预测值（NPV）；

3）针对预期用途人群的大样本前瞻性关键研究，具有大样本量，以评估疗效、安全性和最终的成本效益。

敏感性和特异性需要平衡，在无症状人群中，特异性很重要，尽可能要降低假阳性，带给患者焦虑。同时在癌症高风险人群中，敏感性很重要，要尽可能提高灵敏性，避免漏检，让患者失去早发现、早治疗的机会。
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1.8 基于cfDNA 检测的癌症早期检测的未来方向

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（1）液体活检技术和模型开发的改进

	1、新技术的LOD可以下探至0.001%；

	2、cfDNA片段可考虑单链DNA建库；

	3、分子标签、生物信息技术可以减少文库制备、测序引入的假阳性位点；

	4、白细胞测序质量影响是否能消除克隆性造血；

	5、湿实验的优化，对于cfDNA质量至关重要；

	6、机器学习的引入，有助于构建分类，帮助诊断。

（2）早期发现癌症的风险分层策略

关键是人群分层，通过模型有中、高风险人群或平均风险人群等不同划分方式。每个模型都是基于风险因素（例如，高风险突变的携带者，致癌暴露，上皮内或肿瘤前特征、行为因素、个体特征，包括身体习惯、多基因风险评分、人口统计学、居住地和其他非生物因素）建模，再通过精心设计的回顾性或前瞻性研究等临床试验来验证。

（3）cfDNA中基因组或表观基因组改变之外的生物标志物

微生物组、T 细胞受体、细胞外囊泡表面蛋白、miRNA，这些新的标志物都有非常不错的潜力。

（4）把早筛加入到临床诊疗流程中

对于目前标准的筛查阳性患者，可考虑进一步进行侵入性诊断检查，再通过多学科会诊（病理、影像学、消化道、泌尿、外科、妇科等）根据检查结果、家族史来确定。

1.9 早筛的理想技术

理想的癌症早检技术需要同时满足以下几个条件：

高特异度，避免过度诊断，减少受检者不必要的精神焦虑和随访负担；
高灵敏度，降低漏检率，尤其是早期癌症的检出；
组织溯源，准确预测肿瘤部位，精准指导后续的临床检查；
高性价比，使早检的成本可以控制，便于大范围推广使用；
侵入性小，便于操作，从而能够提高民众筛查的依从性。

2、中国首个前瞻性、多癌种液体活检多组学概念验证性研究（PROMISE）初步结果

2.1 研究方法

多中心、病例对照研究。收集癌、非癌的血液样本。

	本次公布的数据是PROMISE研究训练阶段和验证阶段的临床性能数据，年龄匹配的癌症病例和非癌症对照样本被随机分为
训练集（n=981，癌症：n=511；非癌症：n=470）
和验证集（n=492，癌症：n=257，非癌症：n=235），
在训练集中开发了多癌种血液检测（multi-cancer detection blood test，MCDBT）模型，
并在测试集中进行了验证。

2.2 纳入9个癌种

癌种不断升级（1=》6=》9），分别是肺癌、结直肠癌、胃癌、肝癌、食管癌、胰腺癌、卵巢癌、胆道癌和头颈鳞癌，覆盖了中国总发病率的64%，总死亡率的78%。

总体看，乳腺癌、宫颈癌、脑癌、淋巴、白血病等未被纳入，大概是妇科肿瘤有更低成本的方法，脑、淋巴、血液肿瘤技术上难度更大的原因吧。

补充资料:文献阅读：《2016年中国癌症发生及死亡统计》_S_AGZX的博客-CSDN博客

（1）2016年我国癌症发病情况：

（2）2016年我国癌症死亡情况：

2.3 M2P多组学方法

目前早筛的技术路线甲基化、ctDNA、蛋白标志物哪个好还是有些争议的，研究的目的是为了扫清争议，用效果说话。目前看甲基化+ctDNA + 蛋白标志物，三种组合的方式可能是趋势。

	PROMISE研究旨在评估包括外周血细胞游离DNA（cell-free DNA，cfDNA）甲基化、循环肿瘤DNA（circulating tumor DNA，ctDNA）突变和蛋白质肿瘤标志物在内的多组学。

	cfDNA甲基化：燃石医学多癌种早检技术ELSA-seq (1,000 x)，覆盖约490,000个和九种癌症及器官相关的CpG位点；

	ctDNA突变：燃石医学168基因panel（燃石朗清®，35,000 x，匹配外周血白细胞测序：10,000 x）

	蛋白质肿瘤标志物：由16个肿瘤蛋白标志物组成。

2.4 研究结果

敏感性: 实际患病的受检人在诊断性试验中被检测为阳性的比例，每提升1%，即每100人中可减少1例漏诊。

特异性：“无病”的受检人在诊断性试验结果为阴性的比例，每提高1%，即每100人中可减少1例误诊。

（1） 敏感性、特异性和组织溯源准确性的性能表现优异

在验证集中，多组学模型的综合特异性为98.3%（96.6%-99.4%）、敏感性为83.7%（79.0%-88.0%），组织溯源准确性达到81.9%（76.0%-87.0%）。

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（2）甲基化拉高了多组学结果

cfDNA甲基化可以捕获来自早期癌症血浆中的信号，cfDNA甲基化为研究贡献了较高的敏感性，而在此基础上，模型的整体特异性仍然具有较高水平。

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	在同时有三个组学的数据集（n=158）中， cfDNA甲基化为多组学模型贡献了所有敏感性中的82.9%（131/158），联合蛋白质肿瘤标志物和ctDNA突变维度能够贡献7%（11/158）的额外检出（集中在胰腺癌、胃癌和卵巢癌）。

说明只有cfDNA甲基化可以达到80%的灵敏度，胰腺癌、胃癌和卵巢癌这些甲基化程度不明显或难捕获的癌种需要突变和蛋白标志物来拉升。侧面再次说明，现有体检机构的肿瘤标志物筛查针对某些癌种是可靠的，价格也合适。

（3）组织溯源能力对癌种有要求

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	在验证集中81.9%的癌症样本被准确定位（176/215）。其中对胃癌、结直肠癌和卵巢癌的定位能力依次升高（84%，95%，100%）。

需要注意胆道、胰腺的组织溯源并不高，刚过一半的样子。同时肺癌也只有76%，远低于其训练集结果。说明很多地方都有改进的空间。

2.5 结语

（1）PROMISE研究的初步结果显示，基于多组学的癌症早检模型在九大癌种中表现出卓越的特异性、敏感性和组织溯源准确性；
（2）多组学模型在特异性较高的情况下仍可保持较高的整体敏感性。

燃石目前在开展的4个早筛研究队列：

（1）中国首个超万人、前瞻性多癌种早检临床试验项目PREDICT

（2）首个基于液体活检多组学的前瞻性多癌种早检万人研究PRESCIENT

（3）首个针对无症状人群的前瞻干预性万人研究PREVENT

（4）中国首个前瞻性、多癌种液体活检多组学概念验证性研究PROMISE(文章数据来源)

感叹，燃司好有钱，让人羡慕。

3、参考文献

（1）基于cfDNA的液体活检在癌症早检中的进展文章解读

（2）ESMO 2022 | 燃石医学发布中国首个前瞻性、多癌种液体活检多组学概念验证性研究PROMISE初步研究结果

（3）ESMO2022宣传展板内容

（4）你以为的小趴菜，是肿瘤早筛的百年顶流