贝塞尔包_涛哥文章系列（24）：使用RCircos包

1 简介

RCircos软件包提供了一组图形功能，实现了基本Circos 2D轨迹图，用于可视化基因组结构的异同和基因组间隔之间的位置关系。该软件包是用R库安装附带的R图形包实现的，目的是降低使用的复杂性，并增加集成到基因组数据处理的其他R管道中的灵活性。

目前提供以下图形功能：

• 人、鼠和大鼠的染色体表意文字图数据图包括：

1. 热图
2. 柱状图
3. 线
4. 散点图
5. 平铺图

• 用于进一步装饰的图项目包括：

1. 连接器
2. 链接(线和条带)
3. 文本(基因)标签

成功安装RCircos后，需要加载库才能开始使用它：

library(RCircos)

2 输入数据格式

RCircos以数据框的形式获取输入数据，该数据框可以是从read.table()返回的对象，也可以是与当前R会话中的其他管道一起生成的对象。除链接图的输入外，数据帧的前三列必须是按染色体名称、染色体开始和染色体结束位置的顺序排列的基因组位置信息。

data(RCircos.Histogram.Data)head(RCircos.Histogram.Data)

对于基因标签和热图，必须在第四栏提供基因/探针名称。对于其他绘图，此列可能是可选的。

data(RCircos.Heatmap.Data)head(RCircos.Heatmap.Data)

与其他绘图数据不同，链接线绘图的输入数据仅具有按染色体名称A、chromStart A、chromEnd A、染色体名称B、chromStart B和chromEnd B的顺序的每行的成对基因组位置信息。

data(RCircos.Link.Data)head(RCircos.Link.Data)

备注：RCircos会将输入数据转换为RCircos绘图数据，但不提供常规数据处理功能。如果数据框没有基因组位置信息，则必须在将其传递给RCircos函数之前将该信息添加到数据帧中。出于演示目的，包中包含了示例数据集，并且可以使用data()方法轻松地浏览它们。

从版本1.1.2开始，用户可以向输入数据追加一列标题为“PlotColor”的绘图颜色名称，以控制除热图绘图以外的每个数据点的颜色。

3 绘图轨道布局

RCircos遵循与Circos绘图相同的算法，并在轨道中排列数据绘图。轨道可以放置在染色体表意文字的内部或