描述
此协议用于纳米孔直接RNA测序数据中同时预测 N6-甲基腺苷(m6A)和伪尿嘧啶(psU,Ψ)位点。没有最小输入读数要求,但建议对于人类转录组,输入原始数据集>1M读数进行以下处理。对于更大的转录组,建议使用更多的读数。
此协议已在 Linux 系统集群(“midway2”,Scientific Linux 7.2)上进行了测试。
软件包版本
软件和包的版本如下:
名称 | 版本 |
---|---|
Python3 | 3.10.10 |
guppy_basecaller | 3.2.2+9fe0a78 © Oxford Nanopore Technologies, Limited |
minimap2 | 2.18-r1015 |
numpy | 1.24.3 |
pandas | 1.5.2 |
samtools | 1.11 © 2020 Genome Research Ltd. |
scikit-learn | 1.2.0 |
tensorflow | 2.11.1 |
下载
您可以通过以下命令将软件包下载到您的集群:
git clone https://github.com/sihaohuanguc/NanoSPA.git
然后转到包含 setup.py 文件的文件夹,并运行:
pip3 install .
现在您已经安装了软件包。您可以在账户的任何地方使用它。如果您对任何命令不清楚,可以通过以下命令找到帮助:
nanospa -h
协议
-
基础呼叫
您可以在测序期间进行基础呼叫。如果是这样,此步骤不是必需的,请直接进行下一步。如果数据未进行基础呼叫,请使用以下命令进行基础呼叫。guppy_basecaller --input_path fast5 \