Nature methods|新型微生物富集方法，可有效解决高宿主污染样本问题

SHANGHAILINGEN

于 2023-11-20 08:56:06 发布

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分类专栏：测序组学三代测序文章标签：测序组学

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加州理工学院的研究提出了一种新型微生物富集方法（MEM），通过消耗宿主DNA提高高污染样本中微生物分析的准确性和效率。实验结果显示，MEM有效减少宿主reads，提高微生物多样性的表征，并能用于宏基因组组装，为理解哺乳动物宿主样本微生物群落提供有力工具。

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在科研实验中，许多关键的样本都存在高水平的宿主污染问题，例如肿瘤组织、血液和皮肤拭子等。即使宏基因组技术可以检测这些样本，也可能出现实验结果中超过90%的测序数据来源于宿主的情况，通常需要额外的数据来分析微生物信息，然而即使加测更多的数据也无法从根本上高效解决。这种情况，让无数的科研人员伤透脑筋。

近期，加州理工学院发表在《Nature methods》上的一篇题为“Microbial-enrichment method enables high-throughput metagenomic characterization from host-rich samples”文章中开发了一种新型的微生物富集方法，或可以有效的解决上述问题，提高高宿主污染样本中微生物鉴定的准确性和效率。接下来，就和小编一起来看下这个新方法吧！

技术方法概述

本研究中提到的新型微生物富集技术，主要是通过采用宿主DNA消耗技术，在提取和纯化微生物DNA的过程中，能够有效提高微生物鉴定的准确性和效率。

在实验的过程中，研究人员使用了多种不同的宿主耗尽方法对样本进行处理，其中包括化学试剂（例如酚和氯仿）、物理方法（例如离心和过滤）以及特异性吸附柱。随后，研究人员对经过不同处理方法的样本（包括唾液、粪便、肠道刮屑和肠道黏膜活检）进行了宏基因组测序和16S rRNA测序等分析。最终，经过对不同方法的比较和优化，确定了最佳方法策略，即微生物富集法（MEM）。通过使用MEM技术，研究人员成功将宿主DNA降低1000倍以上，并尽量减少微生物群落的变化（约90％的菌种在经过MEM处理和未经处理的对照组之间没有显著差异）。

图1 在MEM中使用的两步选择性裂解和核酸去除技术的示意图

实验结果验证

研究人员使用高通量建库测序对经过MEM处理的不同类型样本进行了分析，全面地检测了样本中微生物的种类和丰度。以下为样本的分析结果。

01、小鼠粪便及人类唾液样本实验

MEM处理能够有效的减少小鼠粪便和人类唾液样本的宿主reads（图2a、c），提高样本微生物的富集效果。对于唾液样本，二硫苏糖醇的添加（DTT）将样本中宿主的清除率提高了大约十倍（图2c）。

图2 MEM对于粪便样本和唾液样本中宿主去除的效果分析

02、人体肠道刮屑和肠道黏膜活检实验

研究进一步对收集的肠道黏膜活检样本进行MEM处理，分为对照组和实验组，基于16S rRNA测序比较两组的微生物分析结果。PCA结果显示，实验组和对照组的微生物多样性没有显著差异（图3c），表明MEM处理没有引入额外的污染。但是，不同的个体之间的微生物组成存在个体间的差异。

接下来，通过宏基因组测序，进一步测试了MEM处理能否在个体间的横向和胃肠道间的纵向上描述微生物变异。研究结果表明，基于宏基因组测序数据，可以分析所有样本中的不同种类微生物的数量、不同基因的数量、不同代谢途径的数量、微生物基因的相对丰度等（图4）。

图3 MEM处理组和对照组肠道活检样本微生物富集结果分析

图4 MEM处理组和对照组肠道活检样本的宏基因组测序分析结果

03、MEM处理可提高宏基因组组装基因组的质量和效率

研究人员从实验样本中选择了2个对照样本和2个经过MEM处理的活检样本，进行宏基因组组装基因组（MAGs）分析，进一步验证MEM处理之后能否可以构建MAG。结果表明，MEM处理的样本中可以组装得到更长的contig，连续长度可达833 kbp（图5b）。从MEM处理的样本组装得到了34个高质量的MAGs和70个中等质量的MAGs，表明从经过MEM处理的活检样本中是可以成功构建MAGs的。同时，将这些所构建的MAGs与现有的微生物数据库进行比较之后发现，这些MAGs在各方面（如分类学分类、基因注释、功能预测等）均具有较高的准确性和完整度。