Nature子刊|超千份宏病毒组样本，告诉你如何送样

粪便免疫化学测试（FIT）是筛查结直肠癌的主要手段，直接利用FIT样本进行宏病毒组测序是否可行？近期，一项发表在Nature Communications的论文，从多个角度分析了FIT样本进行宏病毒组测序的可行性，并分析了FIT样本肠道宏病毒组的特点以及与生活方式的关系，一起来看一下吧！

• 期刊：Nature Communications

• 影响因子：14.7

• 发表时间：2024年2月

实验设计

借助挪威结肠癌筛查试验，从中筛选出1034份粪便样本进行宏病毒组测序，分析FIT样本是否可以用于宏病毒组测序。流程如下图（1b）所示：

图1 实验设计流程图

主要研究结果

1.病毒组数据集的质量评估

本研究评估了样本储存时间、DNA浓度、测序深度等对测序质量的影响，发现对病毒数据集的质量影响最大的是测序深度，其次是DNA浓度，储存时间对病毒数据集的质量的影响最小（图2b）。为了评估FIT取样是否会影响病毒组，研究者对7名参与者的FIT样本与常规采集方式的样本（Norgen样本）进行配对分析，发现两种样本中检测到的病毒基因组数量、vOTUs数量没有显著差异，说明FIT取样不会影响后续病毒组的分析（图2d）。本研究共确认了170万个假定的病毒基因组，其中，完整、高质量、中质量病毒基因组共49,642个可用于后续分析，约36.8%个基因被发现存在于宿主序列中，表明它们处于溶源状态。95%相似性聚类分析得到18,494个vOTUs。

图2 病毒组数据集的质量评估

2.vOTU分类学注释和功能分析

使用噬菌体特异性INPHARED数据库进一步分类学注释，6036个(32.6%) vOTUs得到了注释。大部分噬菌体vOTUs（n=4091，占总数的22.1%）仅被归类到目或纲级别，比基于科水平注释的基因组分布更广泛（见图3）。只有1135个vOTUs被归类到科水平中，仅占所有vOTUs的6.1%。总共确定了19个病毒科（图4a）。根据 Chao1指数估计，未发现的vOTU多样性百分比因家族而异。不同病毒科之间的vOTUs特征存在明显差异，包括基因组大小（图 4b）、基因组整合（图 4c）、基因注释频率（图 4d）以及辅助代谢基因（AMG）的检出速率（图 4e）。

图3 基于蛋白质水平的vOTUs聚类

图4 基因组注释与种群分布

3.肠道病毒组与生活方式息息相关

将生活方式和人口统计数据等25个选定变量与病毒组数据进行关联分析，通过肠道病毒组的α和β多样性差异,来确定肠道病毒组如何因饮食、生活方式和人口统计学因素而变化。发现17/25个变量与肠道病毒组相关联。体育活动、吸烟和膳食纤维摄入与个体病毒多样性、丰度以及辅助代谢基因富集之间呈现出强的关联性。为进一步探索肠道病毒组在健康和疾病中的作用奠定了基础。

图5 病毒多样性与饮食、生活方式和人口统计学变量之间的关联

实验结论

本研究证实了FIT样本适合进行病毒组学分析。通过利用挪威结肠直肠癌筛查计划参与者的FIT样本，研究人员识别、注释了超过18,000种DNA病毒，仅有6%被归类到已知分类家族。进一步研究发现，身体活动、吸烟和膳食纤维摄入量与个体病毒的多样性和相对丰度以及辅助代谢基因的富集具有显著相关性。该研究结果为后期利用FIT样本进行肠道宏病毒组研究提供有力的依据，为探索肠道病毒组提供新的机会。

参考文献

Exploring the gut DNA virome in fecal immunochemical test stool samples reveals associations with lifestyle in a large population-based study.Nature Communications,2024.

原文链接

doi.org/10.1038/s41467-024-46033-0