人基因转换小鼠基因

本文介绍了如何将人类基因符号转换为小鼠基因符号,主要涉及两种方法:直接大小写的转换和利用基因同源对照表进行对应转换。在直接转换中,通常将除首字母外的字符转为小写,而对于无法直接转换的基因,则不作处理。如果拥有基因同源对照表,可以准确地依据表中的关系进行转换。
摘要由CSDN通过智能技术生成

问题:https://mp.weixin.qq.com/s/1iuKrNwtpU4Z-Jz7SdaA3w

直接大小转换

大多数情况下,人类gene symbol是全大写,转换成小鼠,把除首字母外的字符变成小写就好了。

现在,我们按照直接首字母转换的方式来进行代码编写。有些gene 不能直接转换,我们就直接返回NA, 避免返回错误的答案。


library(org.Mm.eg.db)

### 获取小鼠全部gene symbol
all_mm_gene_symbol <- keys(org.Mm.eg.db, keytype="SYMBOL")

hs2mm <- function(hs_genes){
   
  first_char <- substr(hs_genes, 1, 1)在这里插入代码片
  other_char <- tolower(substr(hs_genes, 2, nchar(hs_genes))
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