Image J批量细胞计数

1. 细胞计数前期设置过程可参考 知乎文章 “mageJ实用技巧——自动细胞计数(解放双手篇) ，“https://zhuanlan.zhihu.com/p/54959707”，主要流程图如下

 2. 打开宏记录器（Plugins-Macros-Record）

 

 3. 把1中的步骤操作一遍，纪录器会纪录每一个步骤，如下图，点击【create】 ，保存代码

 note：划横线的代码一定要注意，要选择这两项 outlines和 in situ show,否则 没有测量数据出来，我刚开始一直没选这两个参数，调试了许久。

 4. 宏代码 保存好后，从【process】--【batch】--【Macro】,调用宏代码

【input】选择待分析图片所在文件夹；

【output】结果输出文件夹，如果只是单纯细胞计数，可能用不到输出图片；

【test】可以选择一个图片后运行代码，作为调试代码用的；

【open】打开自己保存的宏代码的；在这个方框里可以调试代码，修改代码。

注意代码运行是从“run”这一行开始的，第一行选图片的代码记得删除。

调试好后，点击下方【process】运行，就可以批量计数了，结果会自动在【summary】弹出来。

 

 刚开始调试时，可以先选几张图片单独放一个文件夹里，来进行调试。

记录一下今天上午的学习成果。

参考教程：

ImageJ细胞计数批量化操作 https://www.jianshu.com/p/b0a26f3d2bf6

ImageJ实用技巧——宏记录器(解放双手篇)https://zhuanlan.zhihu.com/p/55655493

如何用ImageJ进行细胞计数？https://www.sohu.com/a/198558299_278730