1. 简介
Kraken2是一个基于k-mer算法的高精度宏基因组序列分类软件,能够快速的将测序reads进行物种分类。
Bracken (Bayesian Reestimation of Abundance with KrakEN)是一种高精度统计方法,结合Kraken可以实现高准确度的宏基因组测序数据物种分类分析。
Kraken和Bracken的更多介绍可以参考:宏基因组序列物种分类之kraken 1/2和Bracken的使用
2. 软件安装和数据库下载
Kraken2安装
# 源码安装
git clone https://github.com/DerrickWood/kraken2.git
cd kraken2
sh install_kraken2.sh ~/bin/kraken2 # 安装路径(编译后文件存储文件夹)
~/bin/kraken2/kraken2 --help #可加入到环境变量,方便使用
# conda安装(推荐,可以帮忙解决很多依赖)
conda install -y kraken2
kraken2 --help
Bracken安装
# 源码安装ÿ