TourchDrug笔记--逆合成所遇到的问题

theBT

已于 2023-04-16 18:05:19 修改

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分类专栏：深度学习应用笔记文章标签： windows python 深度学习

于 2023-04-10 17:50:45 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/theBT/article/details/130065169

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文章记录了在使用TorchDrug时遇到的代码问题及解决方案，包括更新代码源、设置编译器路径、处理数据集加载错误以及解决分子kekulize化异常。通过修改数据集加载方式和捕获Kekulize异常，成功解决了训练过程中的错误。

摘要由CSDN通过智能技术生成

TourchDrug挺牛逼，但官网给的代码总会出现一些问题，在此做些记录以便自己回顾。

1.从哪儿复制代码

点主页最下方的图标可以进colab，那儿的代码要新一点

把cl.exe所在目录加入Path环境变量，如

D:\ProgramData\Microsoft\Visual Studio itself\VC\Tools\MSVC\14.28.29333\bin\Hostx64\x64

加完后记得重启！！！

这处困扰了我很久，一直没找到解决办法，assert(reactant.num_nodes >= synthon.num_nodes).all()也不能注释，不然后面训练会报错。debug发现synthon.num_nodes比reactant.num_nodes多了1000多个。

最后跟其他地方的代码对比发现了问题。错误在最开始获取数据集的地方：

出错代码：

synthon_dataset = datasets.USPTO50k("./molecule-datasets/", node_feature="synthon_completion", kekulize=True)

修改为：

synthon_dataset = datasets.USPTO50k("./molecule-datasets/", as_synthon=True, node_feature="synthon_completion", kekulize=True)

中间加了个as_synthon=True就解决了。

有不能kekulize化的分子。

解决方法：

找到Chem.Kekulize(mol)函数位置，将其修改为：

  try:
                    Chem.Kekulize(mol)
                except Chem.rdchem.KekulizeException:
                    pass

这样运行时虽然会出现一大堆红色的Can't kekulize mol. Unkekulized atoms: 但不影响运行。

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