Bracken安装

第一步安装：

通过conda直接安装：https://anaconda.org/bioconda/bracken

##创建小环境
conda create -n kraken

conda install bioconda/label/broken::bracken

第二步：运行

由于直接运行报错，如下

./bracken
 >> Checking for Valid Options...
 ERROR: /database100mers.kmer_distrib does not exist
        Run bracken-build to generate the kmer distribution file.

因此为了生成kmer distribution file文件，需要执行如下

执行报错：

./bracken-build
 >> Selected Options:
       kmer length = 35
       read length = 100
       database    = ~/kraken2/database/PlusPF/
       threads     = 1
 >> Checking for Valid Options...
 ERROR: Database library ~/kraken2/database/PlusPF/library does not exist

结果发现同事之前下载过数据库，直接给拿来用，爽！

于是更改./bracken文件中的数据库目录：

执行：./bracken继续报错

./bracken
 >> Checking for Valid Options...
 >> Running Bracken
      >> python src/est_abundance.py -i  -o  -k ~/Software/kraken2/database/PlusPF/database100mers.kmer_distrib -l S -t 0
python: can't open file '~/Binning-software/miniconda3/envs/braken/bin/src/est_abundance.py': [Errno 2] No such file or directory

从github中下载所需要的脚本，软链接到bin目录下

GitHub - jenniferlu717/Bracken: Bracken (Bayesian Reestimation of Abundance with KrakEN) is a highly accurate statistical method that computes the abundance of species in DNA sequences from a metagenomics sample.

安装成功正常使用

三、测试

bracken -d ~/kraken2/database/ -i  /sample_out/${i}.report  -o  /sample_out/3/${i}.bracken.S  -l S -t 4  -r 150 -w /out/${i}.bracken.S.kreport

报错显示-w参数不存在，查找原因，braken版本太低导致

更新barken版本至2.8以上

conda update braken

成功解决问题！