第一步安装:
通过conda直接安装:https://anaconda.org/bioconda/bracken
##创建小环境
conda create -n kraken
conda install bioconda/label/broken::bracken
第二步:运行
由于直接运行报错,如下
./bracken
>> Checking for Valid Options...
ERROR: /database100mers.kmer_distrib does not exist
Run bracken-build to generate the kmer distribution file.
因此为了生成kmer distribution file文件,需要执行如下
执行报错:
./bracken-build
>> Selected Options:
kmer length = 35
read length = 100
database = ~/kraken2/database/PlusPF/
threads = 1
>> Checking for Valid Options...
ERROR: Database library ~/kraken2/database/PlusPF/library does not exist
结果发现同事之前下载过数据库,直接给拿来用,爽!
于是更改./bracken文件中的数据库目录:
执行:./bracken继续报错
./bracken
>> Checking for Valid Options...
>> Running Bracken
>> python src/est_abundance.py -i -o -k ~/Software/kraken2/database/PlusPF/database100mers.kmer_distrib -l S -t 0
python: can't open file '~/Binning-software/miniconda3/envs/braken/bin/src/est_abundance.py': [Errno 2] No such file or directory
从github中下载所需要的脚本,软链接到bin目录下
安装成功正常使用
三、测试
bracken -d ~/kraken2/database/ -i /sample_out/${i}.report -o /sample_out/3/${i}.bracken.S -l S -t 4 -r 150 -w /out/${i}.bracken.S.kreport
报错显示-w参数不存在,查找原因,braken版本太低导致
更新barken版本至2.8以上
conda update braken
成功解决问题!