扩增子测序

于 2022-03-23 15:00:37 发布
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技术介绍

微基生物可利用二代高通量测序、三代高通量测序等平台对土壤、水体、粪便、肠道内容物、唾液、皮肤等样本中的16S rRNA基因/18S rRNA基因/ITS/功能基因等进行检测，检测样本中微生物的种类和相对丰度。

检测项目

  • 16S rRNA基因测序: 16S rRNA基因为编码原核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列，主要进行细菌或古菌的多样性分析。
  • 18S rRNA基因测序: 18S rDNA为编码真核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列，反映样品中真核生物之间的种类差异。
  • ITS测序: 该类测序主要对环境微生物中的真菌多样性进行分析。
  • 功能基因测序:根据客户的需求，对碳循环、氮循环等过程中起重要作用的功能基因进行测序。

检测平台

  • 二代高通量平台：Illumina、BGI、 Ion PGM；
  • 三代高通量平台：PacBio；
  • 绝对定量：Real-Time PCR

检测结果展示

 

 

 

微基生物
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一、介绍宏基因组 ( Metagenome) 指特定环境下所有生物遗传物质的总和。它包含了可培养的和未可培养的微生物的基因。一般从环境样品中提取基因组DNA, 进行高通量测序，从而分析微生物多样性、种群结构、功能信息、与环境之间的关系等。宏基因组的分析目前主要包括三种方法：基于组装分析、基于reads分析、基于bin分析。下面我们介绍基于组装的分析方法。二、分析流程介绍数据分析从下机原始序列开始，首先对原始序列进行去接头、 质量剪切以及去除污染等优化处理。然后使用优质序列进行拼接组装和基
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高通量二代测序如何建库？
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第二代高通量测序也称为下一代测序技术，相比于第一代测序通量更高、速度更快、成本更低，主要有样本制备、文库构建、测序反应等过程。由于原理和技术的不同，二代测序有诸多的测序平台，目前illumina测序在高通量测序科研领域中占主导地位，接下来为大家下面详细介绍illumina平台文库构建文库构建的主要流程主要包括以下结果环节一．基因组DNA抽提质控 1.DNA提取的基本原理DNA的提取可以简单的分为裂解和纯化两大步骤，裂解是破坏样品细胞结构，从而使样品中的D...
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噬菌体（bacteriophage, phage）是感染细菌、真菌、藻类 、放线菌或螺旋体等微生物的病毒的总称，因部分能引起宿主菌的裂解，故称为噬菌体。在葡萄球菌和志贺菌中首先发现。作为病毒的一种，噬菌体具有病毒的一些特性：个体微小，结构简单，只含一种核酸（DNA 或 RNA），必须在活细胞内寄生并以复制方式增殖。一旦离开了宿主细胞，噬菌体既不能生长，也不能复制。依据核酸类型、形态结构、基本特征等对噬菌体进行了系统的分类。（1）根据噬菌体的核酸类型，可分为双链DNA 噬菌体（即 dsDNA 噬菌体）
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