细菌基因组框架图

• 介绍

细菌基因组研究，是通过基因组测序和组装，获得细菌全基因组序列，并对基因组开展结构预测，功能注释、比较基因组学及泛基因组研究。依据研究精细程度不同，分为框架图（也称为草图）、完成图（0gap），下面我们主要介绍框架图的分析内容。

• 分析流程

基本流程为，建库测序，序列优化，基因组组装，基因及结构预测，功能注释，画图展示。

• 分析步骤与结果展示

1、测序序列的质控和拼接

2、组装结果评估：把 reads 比对到组装好的基因组序列上， 通过统计组装序列的 GC 含量和 reads 覆盖深度， 总结基因组的 GC偏向性和重复序列情况及污染情况。

 

注：横坐标表示 GC 含量，纵坐标表示测序深度

1. 非编码RNA预测：使用RNAmmer 软件对基因组中rRNA进行预测；使用tRNAscan-SE 软件对基因组中tRNA进行预测。
2. CDS预测：使用prodigal软件进行基因预测，它的目标是在识别现有基因时获得更大的敏感度，更准确地预测翻译起始点，并尽量减少错误的正向预测的数量。

Name	Value
Genome Length	6870226 bp
Number of scaffold(contig)	19