宏基因组分析-基于Reads比对

• 介绍

宏基因组 ( Metagenome) 指特定环境下所有生物遗传物质的总和。它包含了可培养的和未可培养的微生物的基因。一般从环境样品中提取基因组DNA, 进行高通量测序，从而分析微生物多样性、种群结构、功能信息、与环境之间的关系等。

宏基因组的分析目前主要包括三种方法：基于组装分析、基于reads分析、基于bin分析。

下面我们介绍基于Reads比对的分析方法。

• 分析流程介绍

基于Reads的宏基因组分析，使用质控的优化序列与已知物种和功能数据库进行比对，从而得到每个样本的物种、功能注释信息和相对丰度。此方法的优点能够用比较科学的方法鉴定功能的物种来源，既能研究功能组成，也能研究每个功能都是来自哪些物种；分析速度快。

 

三、详细流程

一、Kranken2物种注释：

Kraken2是一个基于k-mer精确比对算法，并采用LCA (最小共同祖先)的⽅法对序列进行物种注释的软件。Bracken（使用Kraken对丰度的贝叶斯重新估计）是一种高度准确的统计方法，可以从宏基因组学样本中计算DNA序列中物种的丰度。

从质控的优化序列出发，使用Kranken2软件和微生物数据库（包括RefSeq最近的99版本基因组数据，涵盖细菌、真菌、病毒、古菌、原生动物）鉴别样本中所含的物种，再用Bracken对Kraken2得到的分类结果进性分类后贝叶斯重新