细菌或原核生物16S rRNA

VIP文章 于 2022-03-23 15:06:29 发布
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细菌核糖体RNA（rRNA）有三种类型：5S rRNA（120bp）、16S rRNA（约1540bp）和23S rRNA（约2900bp）。5S rRNA基因序列较短，包含的遗传信息较少，不适于细菌种类的分析鉴定；23S rRNA基因的序列太长，且其碱基的突变率较高，不适于鉴定亲缘关系较远的细菌种类；16S rRNA普遍存在于原核细胞中，且含量较高、拷贝数较多（占细菌RNA总量的80%以上），便于获取模板，功能同源性高，遗传信息量适中，适于作为细菌多样性分析的标准。 16S rRNA编码基因序列共有9个保守区和9个高可变区。其中，文献中常用的区域是V1-V2，V3-V4，V4-V5等区域。 

细菌16S rRNA基因序列组成及引物选择

细菌多样性分析的流程图如下：

 高通量测序分析流程

  • 数据库：Silva，GreenGene，RDP

收集目前世界上最全面的三大微生物rRNA基因信息数据库。

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微基生物
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