本文介绍了古细菌的特性及其在极端环境中的生存，探讨了16S rRNA基因作为研究古菌多样性的工具，并分析了不同引物对在古菌测序中的特异性。微基生物提供了包括Silva数据库在内的多种资源，使用Illumina MiSeq平台进行古菌测序。文章还展示了污水处理活性污泥中古细菌的生物信息分析，包括Rarefaction曲线、PCoA分析和群落组成，揭示了已知与未培养古菌的种群分布。
古细菌（archaebacteria）又叫古生菌、古菌，是一类很特殊的细菌，同时具有原核生物和真核生物的某些特征。古细菌多生活在各种极端的生态环境中，它们代表了生命的极限，确定了生物圈的范围。古细菌和真细菌、真核生物一起，构成了生物的三域系统。古细菌分为泉古菌、广古菌、初古菌和纳古菌。具有代表性的古细菌有极端嗜热菌、极端噬盐菌、极端嗜酸菌、产甲烷古菌、嗜热菌、噬盐菌等。 微基生物根据文献中常用的古菌引物，在Silva数据库中搜索，对古细菌测序引物进行了分析比较，结果如下图所示。在所有搜索结果中，引物对519F/915R和344F/915R对于古细菌的特异性较好。其中，引物519F/915R适合Illumina MiSeq 2×300 bp的测序平台，而引物344F/915R则更适合于Roche 454测序平台。
古细菌不同引物对搜索结果
细菌多样性分析的流程图如下
High throughput sequencing flow chart
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