扩增子全长检测

于 2022-03-25 15:35:31 发布
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在土壤、水体、粪便等样本中，里面的微生物有很多种类，其中细菌和真菌是最为常见的微生物。在细菌的多样性研究，比较多的关注的是编码细菌核糖体16srRNA的序列，由9个可变区和保守区组成。真菌基因也是由ITS1和ITS2高变区以及多个保守区组成的。检测不同的基因片段得到的微生物群落结构是不一样的。细菌16S rRNA基因序列组成及引物选择受限于二代高通量测序平台的读长要求，以前测细菌或真菌时，仅仅测单V区或双V区600bp以内的片段序列。而16S rDNA全长约为1500bp。大多数区域是无
摘要由CSDN通过智能技术生成

在土壤、水体、粪便等样本中，里面的微生物有很多种类，其中细菌和真菌是最为常见的微生物。

在细菌的多样性研究，比较多的关注的是编码细菌核糖体16srRNA的序列，由9个可变区和保守区组成。真菌基因也是由ITS1和ITS2高变区以及多个保守区组成的。检测不同的基因片段得到的微生物群落结构是不一样的。

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微基生物
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PMA的应用
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基于核酸的分子生物学检测方法，如聚合酶链式反应（Polymerase Chain Reaction，PCR），能够用于精准地分析样本中微生物的种类和丰度，但是难以区分微生物的存活状态。传统的用于检测样本中活细胞的方法都需要对样本进行培养，但是此类检测方法存在一定的局限性，无法用于检测一些难培养或是不可培养的活细胞。叠氮溴化丙锭（Propidium monoazide，PMA）是一种能与DNA结合的光反应染料，不具有细胞膜渗透性，无法穿透活细胞完整的细胞膜，只能选择性地穿透死细胞受损的细胞膜。进入细胞后，PM
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第三代测序的介绍
06-16 6066
第三代测序技术是指单分子实时测序技术，也叫从头测序技术。与前两代测序技术相比，其最大的特点就是单分子测序，测序过程无需进行PCR扩增，实现了对每一条DNA分子的单独测序。就当前形势来看，第二代短读长测序技术在测序市场上仍然占有绝对优势，但第三代测序技术近年来也发展的如火如荼，且已应用于基因组测序、甲基化研究和突变鉴定等多个研究领域。目前主要的第三代测序技术根据测序原理的不同可分成：1. 纳米孔电信号测序：牛津纳米孔公司(Oxford Nanopore Technologies,ONT)的纳米孔单分子测序(S
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靶基因高通量测序建库流程介绍
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高通量测序简单介绍：高通量测序技术（High-throughput sequencing）又称“下一代”测序技术（"Next-generation" sequencing technology），以能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定和一般读长较短等为标志。测序平台主要包括：454焦磷酸测序（454 pyrosequencing）、Illumina (Solexa) sequencing、ABI SOLiD sequencing、离子半导体测序（Ion semiconductor sequen
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微生物分析培养介绍
06-10 3991
微基生物微生物分离培养项目主要采用下面的流程： 实验流程和目的步骤一、原始样本微生态检测：在进行分离培养前，需要首先确认待分离的样本中是否有目标菌株，这时需要通过高通量测序的方法来检测样本中微生物的种类和相对丰度。如果希望分离细菌......
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厌氧条件准备根据菌株供应商提供的培养信息准备相应的固体和液体培养基，如果是厌氧菌株，准备厌氧仓...
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宏基因组分析-基于binning
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一、介绍宏基因组 ( Metagenome) 指特定环境下所有生物遗传物质的总和。它包含了可培养的和未可培养的微生物的基因。一般从环境样品中提取基因组DNA, 进行高通量测序，从而分析微生物多样性、种群结构、功能信息、与环境之间的关系等。宏基因组的分析目前主要包括三种方法：基于组装分析、基于reads分析、基于bin分析。下面我们介绍基于bin的分析方法。二、分析流程介绍宏基因组分箱（Binning）是将序列组装得到的Contigs按物种分开归类的过程。宏基因组分箱技术有助于获得不可培养
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高通量二代测序如何建库？
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血液样本检测微生物的取样和保存介绍
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噬菌体（bacteriophage, phage）是感染细菌、真菌、藻类 、放线菌或螺旋体等微生物的病毒的总称，因部分能引起宿主菌的裂解，故称为噬菌体。在葡萄球菌和志贺菌中首先发现。作为病毒的一种，噬菌体具有病毒的一些特性：个体微小，结构简单，只含一种核酸（DNA 或 RNA），必须在活细胞内寄生并以复制方式增殖。一旦离开了宿主细胞，噬菌体既不能生长，也不能复制。依据核酸类型、形态结构、基本特征等对噬菌体进行了系统的分类。（1）根据噬菌体的核酸类型，可分为双链DNA 噬菌体（即 dsDNA 噬菌体）
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皮肤样本微生物的检测介绍
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从公元前400年，希波克拉底第一次描述念珠菌感染起，研究者们一直在探究与人类共生的微生物对人体健康及疾病的影响。皮肤作为人体最大的器官拥有约1.8m２的表面积，其主要功能是作为物理屏障，保护机体免受外来生物或有毒物质的侵害。同时，皮肤也是人体与外界环境接触的部位，因此常驻有各类微生物，包括细菌、真菌、病毒等。如果将皮肤看作一个生态系统，那么它就是由各类微生物和皮肤表面的组织、细胞及各种分泌物等共同组成的整体。微生物群落与皮肤表面组织之间维持着动态的平衡，这种平衡一旦被打破，就可能会引起皮肤病或感染。早期
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二代测序平台的介绍
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一、测序技术的发展史高通量测序（High-Throughput Sequencing）又名下一代测序（Next Generation Sequencing，NGS），是相对于传统的Sanger测序（Sanger Sequencing）而言的。目前高通量测序的主要平台代表有罗氏公司(Roche)的454测序仪（Roch GS FLX sequencer）（已终止服务），Illumina公司的测序仪（Illumina Genome Analyzer）和ABI的SOLiD测序仪（ABI SOLiD seq
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菌种冻存方法介绍
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