差异菌株分析

于 2022-04-01 10:14:34 发布
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本文介绍了微生物基因组测序技术在差异菌株分析中的应用，包括CARD数据库比对、VFDB数据库比对、MLST分析、cgMLST分析、SNP分析、泛基因分析以及系统进化分析等，这些技术在细菌分型、耐药性研究和流行病学调查中发挥重要作用。
摘要由CSDN通过智能技术生成

随着快速、经济的微生物基因组测序技术的发展，大量的微生物基因组数据被公布。可以利用全基因组水平的基因扫描和等位基因信息等对菌种进行差异菌株分析。差异菌株分析在研究样本菌株在群体进化或分子流行病学方面的关系有广泛应用。微基生物对细菌基因组测序提供以下差异菌株分析技术服务。

结果展示

1) CARD数据库比对分析

The Comprehensive Antibiotic Resistance Database （http://arpcard.mcmaster.ca）CARD 数据库核心是 ARO(Antibiotic Resistance Ontology)，ARO 包含了与抗生素抗性基因，抗性机制，抗生素和靶相关的term。CARD 数据库是目前应用广泛的耐药基因研究工具。

 抗性基因热图

2) VFDB数据库比对分析

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