特定功能基因定量检测

 1 检测对象

特定功能基因指的是具有某种特定作用的酶的编码基因，通过对该酶的基因进行qPCR定量，来确定该基因在样本中的拷贝数。目前研究较多的主要是氮循环、碳循环、硫循环、砷循环等相关的功能基因。微基生物可以利用qPCR定量检测样本中的碳循环、氮循环、硫循环等过程中的功能基因。

 氮循环相关

氮是生命体核酸与蛋白质必不可少的组成元素。氮素的生物地球化学循环(氮循环)对生命的存在和持续有关键作用，本质上是微生物驱动的氮素转化、利用及循环的过程。氮循环就是指N2、无机氮化合物、有机氮化合物在自然界中相互转化过程的总和，包括氨化作用、硝化作用、反硝化作用、固氮作用等等。
氮循环及相关基因如下图和下表：

参与途径		基因名称
固氮	N2—NH4+	nifH	Nitrogenase	固氮酶
氨化作用	OrgN—NH4+	ureC	Glutamate dehydrogenase	谷氨酸脱氢酶
硝化作用	NH4+—NO2–	amoA	ammonia monooxygenase	氨单加氧酶
	NO2–—NO3–	nor	nitrite oxidoreductase	亚硝酸盐氧化还原酶
反硝化作用	NO3–—NO2–	narG	nitrate reductase	硝酸盐还原酶
	NO2–—NO	nirS/nirK	nitrite reductase	亚硝酸盐还原酶
	NO—NO2	norB	nitric oxide reductase	氧化还原酶
	NO2—N2	nosZ	nitrous oxide reductase	氧化亚氮还原酶
厌氧氨氧化	NO2–—N2	hzo	Hydrazine oxidase	联氨氧化酶
异化N还原到铵	NO3–—NO2–	napA	nitrate reductase	硝酸盐还原酶
	NO2–—NH4+	nrfA	c-type cytochrome nitrite reductase	细胞色素c亚硝酸盐还原酶

 碳循环相关

碳循环主要是碳素的固定和转化过程，主要包括碳固定、甲烷产生、甲烷氧化。
自养微生物具有极强的环境适应性和固碳潜力。目前发现的5条主要生物固碳途径中，卡尔文循环是自养生物固定CO2的主要途径，其中核酮糖-1,5-二磷酸羧化酶/加氧酶（RubisCO）是卡尔文循环中的关键酶，因此RubisCO及其编码基因被许多学者用于不同生态环境中固碳微生物群落结构和多样性的研究。
产甲烷菌是重要的环境微生物,在自然界的碳素循环中起重要作用。产甲烷菌是一类能够将无机或有机化合物厌氧发酵转化成甲烷和二氧化碳的古细菌。
甲烷氧化菌是甲烷进入大气的重要屏障,利用它降低人为源向大气排放的甲烷量,对于缓解全球温室效应具有潜在价值.
碳循环过程和相关基因如图和下表：

作用		基因名称
碳相关	固碳	cbbL/cbbM	Ribulose-l,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase	核酮糖-1.5-二磷酸羧化酶/加氧酶
	产生甲烷	mcrA	methyl coenzyme M reduc-tase	甲基辅酶 M 还原酶