抗性基因定量检测

抗性基因即抗性的遗传因子，是选择基因的一种。目前由于大量抗生素在人类医药业、畜牧养殖业滥用，导致了人体或动物体内抗生素抗性基因(ARGs)的产生，不可避免的导致耐药微生物和抗性基因的增加和扩散，引起一系列污染和生态风险。作为21世纪一类新兴污染物，抗性基因的污染水平已经远远超过我们的预想。因此对人体、土壤等样本中抗性基因的分布水平、扩散传播及消减技术的研究，刻不容缓。微基生物可以提供抗性基因的定量检测服务。

1 检测样本

粪便、水样、土壤、雾霾、细菌等

若客户提供DNA，建议客户记录抽提DNA时样本的使用重量或是体积，方便后继对数据进行转化。

2 检测平台

qPCR定量检测平台，能够检测300多种抗生素抗性基因。

3 检测服务

绝对定量检测服务

是测定目的基因在样本中的分子数目，通过构建标准曲线对未知模板进行分子数目的定量，即通常所说的拷贝数。

相对定量检测

测定目的基因在样本中的含量的相对比例，而不需要知道它们在每个样本中的绝对拷贝数，一般是通过CT值之差来计算。

4 检测方法

SYBR Green法：

嵌入到双链DNA分子后在PCR反应体系中，加入过量SYBR荧光染料，SYBR荧光染料特异性地掺入DNA双链后构象发生变化，能够吸收497nm的激发光并发出520nm的荧光；而不掺入DNA双链中的染料分子不会发射任何荧光信号，从而保证荧光信号的增加与PCR产物的增加完全同步。

TaqMan探针法：

扩增时加入一个特异性的寡核苷酸荧光探针，两端分别标记一个报告荧光基团和一个淬灭荧光基团。探针完整时，报告基团发射的荧光信号被淬灭基团吸收；PCR扩增时，Taq酶的5′-3’外切酶活性将探针酶切降解，使报告荧光基团和淬灭荧光基团分离，从而荧光监测系统可接收到荧光信号，即每扩增一条DNA链，就有一个荧光分子形成，实现了荧光信号的累积与PCR产物形成完全同步

5 qPCR的实验流程

 

6 部分基因列表如下：

Gene	Classification	Mechanism
catA1、catB3、cfr等	(flor)/(chlor)/(am)phenicol	deactivate
cmlA1、cmx(A)、floR等		efflux
qnrA等		unknown
aac、aacA/aphD、aacC、aacC1、aacC2、aacC4、aadA、aadD、aadE、aph、aph6ia、aphA1(akakanR)、spcN-01、spcN-02、str、strA、strB等	Aminoglycosides	deactivate
ampC/blaDHA、ampC、bla1、blaCMY、blaCTX、blaGES、bla-L1、blaMOX/blaCMY、blaOCH、blaOKP、blaOXA1/blaOXA30、blaOXY、blaPAO、blaPER、blaPSE、blaROB、blaSFO、blaSHV-01、blaTEM、blaTLA、blaVEB、blaVIM、blaZ、cepA、cfiA、cfxA、cphA、fox5、NDM1、ampC等	Beta_Lactamas	deactivate
mecA、pbp、pbp2x、Pbp5、penA等	Beta_Lactamas	protection
int等	MGEs	integrase
IS613、tnpA、Tp614等		transposase
ereB、lnuA、lnuB、lnuC、mphA、mphB、mphC、vatB、vatC、vatE、vgb、vgbB等	MLSB	deactivate
carB、ImrA、matA/mel、mdtA、mefA、msrC、oleC、vgaA、vgbB、msrA等		efflux
erm、ermA、ermA/ermTR、ermB、ermC、ermF、ermJ/ermD、ermK、ermT、ermX、ermY等		protection
acrA、adeA、acrF、ceoA、cmeA、cmr、marR、mdetl1、mdtE/yhiU、mepA、mexA、mexD、mexE、mexF、mtrC、mtrD、oprD、oprJ、pmrA、qac、qacA、qacA/qacB、qacH、rarD、sdeB、tolC、t