R包常用函数
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tommyhechina
复旦大学生命科学院遗传学专业研究生。
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affyPLM包常用函数
GEOquery常用函数1 fitPLM功能:通过拟合探针水平模型(probe-level model),将AffyBatch转换为PLMset。返回值:PMLset。fitPLM(object,model=PM ~ -1 + probes +samples,variable.type=c(default="factor"),constraint.type=c(de...原创 2018-05-12 15:25:24 · 3324 阅读 · 1 评论 -
ArrayExpress包常用函数
ArrayExpress常用函数1 ae2bioc功能:将MAGE-TAB文件从raw data转换为bioconductor对象。返回值: AffyBatch, ExpressionSet 或 NChannelSet。assayData储存表达值,phenoData储存sdrf,featureData储存arf,experimentData储存idf。ae2bioc(...原创 2018-05-12 15:27:26 · 3767 阅读 · 0 评论 -
arrayQualityMetrics包常用函数
arrayQualityMetrics常用函数1 aqm.writereport功能:使用aqmReportModule生成质量报告。返回值:质量报告。aqm.writereport(modules, arrayTable, reporttitle, outdir) 参数 注释 modules 含有 aqmReportModule 对象的...原创 2018-05-12 15:29:16 · 1118 阅读 · 0 评论 -
GEOquery包常用函数
GEOquery常用函数1 getGEO功能:从GEO数据库下载数据。返回值:GDS/GSE/GSM/GPL。取决于GEO参数。getGEO(GEO = NULL, filename = NULL, destdir = tempdir(), GSElimits = NULL, GSEMatrix = TRUE, AnnotGPL = FALSE, getGPL = T...原创 2018-05-12 15:30:36 · 9046 阅读 · 0 评论 -
genefilter包常用函数
genefilter常用函数1 findLargest功能:只留下检验统计量最大的探针,舍弃其他重复探针。返回值:包含探针名称的list。findLargest(gN, testStat, data = "hgu133plus2") 参数 注释 gN 包含所有探针名称的list。 testStat 包含检验检测统计量的list...原创 2018-05-12 15:31:41 · 3006 阅读 · 0 评论 -
gcrma包常用函数
gcrma常用函数1 compute.affinities功能:计算探针亲和数据。返回值:返回一个包含有PM和MM探针亲和数据的AffyBatch。compute.affinities(cdfname,verbose=TRUE)compute.affinities2(cdfname,verbose=TRUE) 参数 注释 cdfname ...原创 2018-05-12 15:33:50 · 1635 阅读 · 0 评论 -
oligo包常用函数
oligo常用函数1 darkColors功能:提供颜色。返回值:表示颜色的字符。darkColors(n)seqColors(n)seqColors2(n)divColors(n)注意:darkColors是基于RColorBrewer包设计的。2 fitProbeLevelModel功能:对FeatureSet拟合robust Probe L...原创 2018-05-12 15:39:21 · 2704 阅读 · 0 评论 -
simplyaffy包常用函数
simplyaffy常用函数1 call.exprs功能:使用MAS5,GCRMA或RMA算法生成表达矩阵。返回值:ExpressionSet。call.exprs(x, algorithm = "rma", do.log = TRUE, sc = 100, method = NA) 参数 注释 x AffyBatch对象。 al...原创 2018-05-12 15:45:11 · 1172 阅读 · 0 评论 -
affy包常用函数
affy常用函数1 AffyRNAdeg功能:计算RNA降解相关的统计数据并用图形展示。返回值:RNA降解相关的统计数据及图形展示。 项目 描述 sample.names 样品名称 means.by.number average intensity by probe position ses standard error...原创 2018-05-06 13:10:31 · 4833 阅读 · 0 评论