三代纠错软件LoRDEC安装和使用（0.6版本）

 

（1）下载

可以从官网直接下载最新版本： https://gite.lirmm.fr/lordec/lordec-releases/wikis/home#lordec ，需要安装一些配套的资源，下载、安装均可参考其说明。

但也有整合好第三方支持的编译好的版本：http://gatb-tools.gforge.inria.fr/versions/bin/，我这里下载的是0.6版本。

(2)安装：

1、下载并安装gatb-core （我用的是1.3.0）

2、修改LoRDEC的Makefile，定义gatb-core-1.3.0路径，

3，make

（2）使用

    1. 校正PacBio reads

     lordec-correct -k 19 -s 3 -a 5 -2 NGS.fq -i  Iso.fa -T 4 -S statistics.txt -m 20G -o CorrectHQ.fa

      k-mer（-k）：小基因组设置为19； 大基因组设置为21；丰度阈值（-s）设置为2或3

    2. 统计

     lordec-stat -T 2 -a 5 -i Iso.fa -2 NGS.fq -k 19 -s 3 -S lordec_stat.txt

    3. trim校正后的PacBio序列

      lordec-trim -i CorrectHQ.fa -o lordec_trimmed_reads.fa

    4. trim和分割校正后的PacBio序列

      lordec-trim -i CorrectHQ.fa -o lordec_trimmed_reads.fa

    5. 建立和保存二代数据的DBG

     lordec-build-SR-graph -T 6 -m 20000 -a 5 -k 19 -s 3 -2 NGS.fq -g graph_file.txt