第三代测序 技术
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wangchuang2017
天下才子,中州过半
惟楚有才,于斯为盛
实事求是,知行合一
师者,所以传道,授业,解惑也
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SMRT 分析:读取校正
SMRT 分析:读取校正介绍由于实时测序的性质,PacBio 读数很长,但质量相当差。 由于 PacBio 文库制备会产生环状 DNA 分子,因此一些较短的分子会被聚合酶处理数次。 这导致同一分子的多次读取,然后该信息用于产生高质量的循环共有 (CCS) 读取。 然而,在基因组组装中,即使质量很差,长读取也是极其重要的。 因此,已经实现了多种纠错长(即非CCS)读取的方法。 这些方法的共同点是短读长与长读长的比对,从而计算长读长的共有序列。使用 PacBio 读数的自我校正PacBi原创 2022-04-24 23:10:42 · 456 阅读 · 0 评论 -
Applications for PacBio circular consensus sequencing
PacBio 循环共有测序的应用发表于 2013 年 2 月 11 日通过 lexnederbragt我是 Pacific Biosciences PacBio RS 测序仪的粉丝,本博客的一些读者可能已经知道。 我们在工作中使用该仪器的数据,我所属的挪威测序中心 向其用户提供该技术。PacBio 最近 增加了他们的阅读长度。 使用这种所谓的 C2XL 化学,平均原始长度现在约为 4.3-4.5 kbp,最大读取长度可以超过 20kbp。 这些超长读取非常适合 从头 基因组测序应用,这...原创 2022-04-24 23:07:19 · 664 阅读 · 0 评论 -
【无标题】单分子纳米孔测序技术及其应用研究进展
单分子纳米孔测序技术及其应用研究进展曹影1,李伟2,褚鑫3,吴珂1,刘海舟1,刘翟1,4摘要:测序技术在通量和成本方面有了较大的改进,以单分子纳米孔测序技术为代表的第三代测序技术更是以其超长读长、实时检测和可以直接检测碱基甲基化修饰等优势在医学及生命科学等领域作出了较大贡献。文中就单分子纳米孔测序技术的原理进行了简要描述,并对其在临床、动物、植物、细菌及病毒等领域的应用和其未来的发展方向进行了讨论。关键词:纳米孔测序技术临床研究动物基因组...原创 2022-04-24 22:49:49 · 1433 阅读 · 0 评论 -
人类基因测序被重新定义,时间减半创世界纪录
人类基因测序被重新定义,时间减半创世界纪录【新智元导读】近日,斯坦福大学研究团队把人类DNA测序的时间缩短至5小时2分钟,重新定义了人类基因组测序速度!DNA测序时间减半,还创下了最新吉尼斯世界纪录!近日,斯坦福大学研究团队完成了利用人工智能计算加速工作流程的「DNA巨量测序」技术。最新研究已于1月12发表在《新英格兰医学杂志》上。论文地址:https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMc2112090此研究中处理速度最快的病例样本仅用了5小时2原创 2022-03-19 00:23:37 · 317 阅读 · 0 评论 -
PACBIO:经历9件大事,终获一致认可?
PACBIO:经历9件大事,终获一致认可?2021-05-08|热心肠先生原创独家收藏(0)|阅读(19)■ 肠企简介PacBio总部在美国硅谷,为客户提供高精准的长读长测序技术,为致力于解决复杂的遗传挑战的科学家提供宝贵的见解。为了推动分子生物学的发展,PacBio 的创始人发明了一种新方法来研究 DNA 和 RNA。利用生物化学、光学、纳米制造等方面的先进技术,PacBio 开发了单分子实时(SMRT)测序技术。通过以单分子分辨率实时分析 DNA 分子,这项...原创 2022-03-16 12:08:36 · 2789 阅读 · 0 评论 -
Single Molecule Real-Time Sequencing
Single Molecule Real-Time SequencingPublished July 9, 2016Recently, I have witnessed the uprising of various next generation sequencing (NGS) platforms and it’s quite interesting because each platform uses a different method. Previously, I’ve writt原创 2022-03-15 20:22:26 · 438 阅读 · 0 评论 -
PacBio English 经典语句
Another consideration is the relatively high cost ofPacBio.精选另一个考虑因素是PacBio的成本相对较高。所在语境 引言来源论著2018IF 12.1Nature Communications升级获得更多母语英语作者的精选例句>ShorterPacBioreads fall into this category as well.精选较短的PacBio读数也属于这一类。所在语境 引言来源论...原创 2022-03-15 18:04:20 · 344 阅读 · 0 评论 -
第三代DNA测序数据压缩方法研究
第三代DNA测序数据压缩方法研究崔浩翔深圳大学摘要:第三代测序技术自问世以来在临床分子诊断中扮演着越来越重要的角色,尤其在基因组测序、甲基化研究、突变鉴定(SNP检测)等方面。测序技术的不断发展使得测序成本逐年下降,测序数据量急剧增加,如何存储和传输庞大的测序数据是当前亟需解决的问题。数据压缩技术可以有效减少测序数据的存储空间并减少传输时间。通用压缩工具未能很好的利用DNA测序数据的数据特性,对测序数据的压缩比存在一定的局限。而目前DNA测序数据的专用压缩工具大多是针对第二代测序数据开发,在面对原创 2023-08-18 20:15:28 · 166 阅读 · 0 评论 -
三代测序数据分析实战
主讲人:徐怡,浙江大学医学院博士,目前在迪安诊断研发中心担任生物信息工程师,主要工作是负责 NGS 遗传检测PPT :三代测序数据分析实战.pptx背景介绍从1977年第一代DNA测序技术(Sanger法)发展至今三十多年时间,测序技术已取得了相当大的发展,从第一代到第三代乃至第四代,测序读长从长到短,再从短到长。虽然就当前形势看来第二代短读长测序技术在全球测序市场上仍然占有着绝对的优势位置,但第三和第四代测序技术也已在这一两年的时间中快速发展着。测序技术的每一次变革,也都对基因组研原创 2022-03-12 13:33:27 · 4705 阅读 · 0 评论 -
Error correction and assembly complexity of single molecule sequencing reads
Error correction and assembly complexity of single molecule sequencing reads Hayan Lee*, James Gurtowski*, Shinjae Yoo, Shoshana Marcus, W. Richard McCombie, and Michael Schatz Third generation single molecule sequencing technology is poised to ...原创 2021-11-13 07:43:10 · 379 阅读 · 0 评论 -
二三代基因组混合组装流程的搭建与序列拼接并行优化方法研究_武海波
当今世纪,生物学技术得到了迅速发展,世界己经进入了信息科学的时代和生命科学的时代。与此同时,超级计算机的发展、集群的广泛应用、国际互联网的飞速发展为分子生物学的研究提供了强有力的支撑。为了更加有效、更加方便快捷的对己知生命的生物学相关的大量信息进行科学的、统一的管理以及分析利用,一门由多学科交叉且涵盖了计算领域、信息领域和分子生物学领域的新的学科技术一生物信心学应用而生。生物信息学,是一门涉及到多学科交叉的新兴学科,综合利用了生、数、物、化以及信息计算科学、计算机科学技术等多...原创 2021-11-12 08:35:20 · 1795 阅读 · 0 评论 -
单分子测序揭示鹦鹉模仿能力
单分子测序揭示鹦鹉模仿能力编辑推荐: 研究团队通过单分子测序揭示了鹦鹉基因组的特殊区域,并采用第二代测序技术对单分子测序数据进行了修正。文章发表在7月1日Nature Biotechnology杂志网站上。 生物通报道:研究团队通过单分子测序揭示了鹦鹉基因组的特殊区域,并采用第二代测序技术对单分子测序数据进行了修正。文章发表在7月1日Nature Biotechnology杂志网站上。如今单分子测序技术炙手可热,这一新技术能生成超长的测序读段,“能更容易.原创 2021-11-11 15:07:28 · 142 阅读 · 0 评论 -
长序列测序数据分析的机遇与挑战
长序列数据分析相关资源哪里找?一文读懂长序列测序数据分析的机遇与挑战!正在上传…重新上传取消生信宝典| 简介 标题:长序列测序数据分析的机遇与挑战杂志:GenomeBiology影响因子:10.806发表时间:2020年05月08日解读:章小鱼zxy编辑:很跩的土豆导读:长序列测序(即三代测序)技术正克服精确性和通量方面的限制,逐渐应用于基因组学的各个研究领域,因此专门的分析工具也应运而生。但目...原创 2021-11-11 14:17:19 · 534 阅读 · 0 评论 -
纠错工具之 - Proovread
纠错工具之 - Proovreadweixin_34198881BioInf-Wuerzburg/proovread- Github主要是来解读 proovread 发表的文章,搞清楚它内在的原理。Proovread,这个工具绝对没有你想的那么简单,它引入了很多局部模型,而且在总体设计上也是很有眼光的。原文:proovread: large-scale high-accuracy PacBio correction through iterative short read con..原创 2021-11-11 10:49:16 · 304 阅读 · 0 评论 -
全长转录组测序
全长转录组测序转录组从广义上讲,是指细胞或组织内全部 RNA 的总和,而总 RNA 依据不同的 分类标准有着不同的类型,如依据是否翻译成蛋白而分为编码 RNA (coding RNA)和非 编码 RNA (non-coding RNA);依据长短而分为长 RNA (long RNA, 长度大于 200bp)和短 RNA (small RNA, 长度小于 200bp);依据翻译中行使不同的功能主要分为信使 RNA (message RNA, mRNA)、转运 RNA (transfer RNA, tRNA原创 2021-11-10 19:58:19 · 2461 阅读 · 0 评论 -
三代测序数据分析实战
三代测序数据分析实战主讲人:徐怡浙江大学医学院博士,迪安诊断研发中心生物信息工程师,负责 NGS 遗传检测。背景介绍从1977年第一代DNA测序技术(Sanger法)发展至今三十多年时间,测序技术已取得了相当大的发展,从第一代到第三代乃至第四代,测序读长从长到短,再从短到长。虽然就当前形势看来第二代短读长测序技术在全球测序市场上仍然占有着绝对的优势位置,但第三和第四代测序技术也已在这一两年的时间中快速发展着。测序技术的每一次变革,也都对基因组研究,疾病医疗研究,药物研发,育种等领域产生巨大原创 2021-11-10 19:54:42 · 8843 阅读 · 1 评论 -
第二、三代基因组测序数据混合拼接软件综述
第二、三代基因组测序数据混合拼接软件综述王昊1,陈挺1,2摘要: DNA测序是生物信息学研究的重要内容之一,对测序序列的从头拼接是其中非常基础而重要的步骤。随着测序技术的不断更新,新的第三代测序数据拥有更长的序列长度、高错误率等性质,针对这些性质,同时使用二代、三代测序数据进行混合拼接是获得更好的拼接结果一种重要方式。本文介绍了现有的混合拼接软件的基本原理,并比较了不同软件拼接结果。最后,本文对选择拼接软件以及提出新的混合拼接方法的研究方向给出了建议。关键词:...原创 2023-08-19 09:00:06 · 1035 阅读 · 0 评论 -
一代测序+二代测序+三代测序
5人点赞日记本原创 2021-11-10 17:02:54 · 492 阅读 · 0 评论 -
DNA 测序技术的发展:第三代测序法
本文作为DNA测序的最终章,就和大家聊一聊最新一代的DNA测序技术。不相同于上两篇文章中提到的桑格法测序和SBS高通量测序,小编并没有给第三代测序法一个简单的概括性命名。原因是第三代测序的发展方向太多,不好直接概括为某一特定方法。具体来说,在第二代测序的基础上,人们还希望提高测序效率、提高测序通量、提高测序准确率、避免PCR扩增和避免荧光检测等等。比如,Pacific BioSciences公司的实时单分子测序(real-time single-molecule)和complete genomics...原创 2021-11-10 16:54:51 · 1763 阅读 · 0 评论 -
三代测序(SMRT Sequencing)
三代测序(SMRT Sequencing)白墨目前主流三代测序平台除了Oxford 家的 Nanopore,还有 Pacific Biosciences(简称 PacBio)公司的 Single Molecule Real-Time(SMRT)Sequencing。 该平台的优势在于:在不会影响吞吐量和准确性的前提下,提供目前最长的读取长度如果不含系统误差,准确度可达 99.999%可测取富含AT或GC区域,高度重复序列,回文序列等,不会产生GC的较大偏差 可以直接测取化学修饰,在原创 2021-10-08 07:58:28 · 2405 阅读 · 0 评论 -
一张图追踪测序的大历史背景
一张图追踪测序的大历史背景从DNA结构的发现到DNA半保留复制的证实再到三碱基密码子的发现,对核酸序列的理论结构认知基本完善。三代测序的时间进展第一代的Sanger 测序: ABI 3700第二代的Illumina Solexa, Roche 454, ABI SOLID,最新出现,目前也基本退出了舞台,现在主流的仪器为Illumina专利基础上的仪器,例如MiSeq, NextSeq, HiSeqX等,当然还有一个life Science(目前为thermo fisher旗下)...原创 2021-10-08 07:59:55 · 180 阅读 · 0 评论 -
三代测序技术概况
三代测序技术概况https://mp.weixin.qq.com/s/fiw6EpSyZ765LmBtuywkCQ(2018-11-03第三代长序列测序技术为获得高质量的基因组数据提供了机遇。二代测序会产生很多数百个碱基大小的读长,而三代测序的读长可以长达10kbp。这种长读长对基因组的从头组装、基因组结构变异和基因分型(phasing)有重要的意义。自从二代测序技术商业化以来,很多测序平台相继出现,比如Roche/454(2005年),Illumina/Solexa(2007年)...原创 2021-10-07 20:27:58 · 1646 阅读 · 0 评论 -
Comprehensive Evaluation of Error-Correction Methodologies for Genome Sequencing Data基因组测序数据纠错方法的综合评
Comprehensive Evaluation of Error-Correction Methodologies for Genome Sequencing DataYun Heo1,Gowthami Manikandan1,Anand Ramachandran1,Deming Chen1Nakaya Helder I.1, editors.In: Bioinformatics [Internet]. Brisbane (AU): Exon Publications; ...原创 2021-08-12 12:26:51 · 153 阅读 · 0 评论 -
HALC: High throughput algorithm for long read error correction
Journal|[J]BMC BioinformaticsVolume 18, Issue 1. 2017.HALC: High throughput algorithm for long read error correction作者:Ergude Bao;Lingxiao Lan作者背景:School of Software Engineering, Beijing Jiaotong University;University of California, RiversideDO...原创 2021-08-07 09:10:26 · 241 阅读 · 0 评论 -
Next-generation sequencing technologies 下一代测序技术
Next-generation sequencing technologies has improved a lot in 15 years.Read, the length of one measurable sequence, has been lengthened.Flux, the quantities of data from sequence, has also increased.What is more, the cost of sequencing has been decreased原创 2021-08-01 18:27:23 · 1422 阅读 · 0 评论 -
测序仪的序列:DNA测序的历史
测序仪的序列:DNA测序的历史作者链接打开覆盖面板James M.HeatherBenjaminChain展示更多添加到门德利分享引用https://doi.org/10.1016/j.ygeno.2015.11.003获取权利和内容根据 Elsevier用户许可打开存档强调•我们回顾了过去 50 年 DNA 测序技术的巨大变化。•第一代方法能够对克隆 DNA 群体进行测序。•第二代通过并行化许多...原创 2021-07-25 07:53:12 · 536 阅读 · 0 评论 -
基于半监督学习的单体型组装算法
基于半监督学习的单体型组装算法发布时间:2021-02-16 17:20 单体型组装(Haplotype Assembly)是根据测序得到的DNA片段通过各种模型算法来重建出生物个体的单体型。随着人类基因组计划(Human Genome Project,HGP)的逐渐完成,人们已经认识到个体之间基因序列的差异是造成个体之间各种表型差异的主要原因,如发色、体型、罹患疾病的不同风险程度等。因此分析个体的单体型在遗传领域有非常重要的意义,其主要应用有疾病诊断、药物研究等。如果能仅通过生物手段就获得个体正原创 2021-06-27 18:36:27 · 287 阅读 · 0 评论 -
Single-Molecule Sequencing Assists Genome Assembly Improvement and Structural Variation In2021-02-25
Single-Molecule Sequencing Assists Genome Assembly Improvement and Structural Variation InferenceOpen ArchivePublished:April 19, 2016DOI:https://doi.org/10.1016/j.molp.2016.04.002PlumX MetricsDear Editor,The single-molecule real-time (SMRT) sequencin原创 2021-02-25 17:28:22 · 259 阅读 · 0 评论 -
应用第二代测序技术的转录组组装
目录Next-generation transcriptome assembly 应用第二代测序技术的转录组组装... 2第一部分:总体介绍挑战与机遇... 2第二部分:实验提取与数据分析... 2组装前:... 2组装策略:... 3选择策略... 4选择组装软件... 4评价组装的质量... 5总结和未来的展望... 5全文完... 5Next-generation transcriptome assembly 应用第二代测序技术的转录...原创 2021-02-20 11:06:03 · 1143 阅读 · 0 评论 -
The advantages of SMRT sequencing
Genome Biology于2013年7月刊发表的一篇题为《The advantages of SMRT sequencing》的综述,作者分别是大名鼎鼎的诺贝尔奖得主Richard Roberts、美国Broad研究院的计算生物学家Mauricio Carneiro、美国冷泉港实验室的生物信息学家Michael Schatz,他们三人可谓是新一代测序应用的风云人物,分别用SMRT测序技术开辟了甲基化组学、基因分型验证和混合拼接组装等方面的突破性进展,相信看过全球访谈系列的读者都能耳熟能详了。该.原创 2021-02-18 08:36:35 · 183 阅读 · 0 评论 -
Badread: simulation of error-prone long reads Badread:模拟容易出错的长读断
背景DNA测序平台 旨在测量DNA样本中的核苷酸(A、C、G和T)序列。Illumina公司生产的测序仪在过去十年的大部分时间里一直是主导技术,但他们的平台生成的序列片段(reads)相对较小(长度约为100 - 300个核苷酸)。相比之下,Oxford Nanopore Technologies (ONT)和太平洋生物科学公司(PacBio)生产的长读序列测序仪可以生成数万个或更多核苷酸的序列片段(爱森斯坦,2017)。这些平台上的长读本对于基因组组装和其他生物信息分析非常有益(科伦,瓦伦茨,柏林,原创 2021-02-17 11:31:53 · 383 阅读 · 0 评论 -
从实验室走向大众,一文读懂Nanopore测序技术的发展及应用
从实验室走向大众,一文读懂Nanopore测序技术的发展及应用关键词/Nanopore测序技术 文/基因慧随着基因测序技术不断突破,二代测序的发展也将基因检测成本大幅降低。理想的测序方法,是对原始DNA模板进行直接、准确的测序,消除PCR扩增带来的偏差,保留重要的碱基修饰信息,并且测序序列长度(读长)不受限制,从而能够检测大型的结构变异和解析含有高度重复DNA片段的区域。纳米孔测序技术的出现,不仅提供快速实时答案,同时还具备高数据产出。同时,其便携式和规模上的可扩展性给未来测序技术应用带来无限..原创 2021-02-16 10:04:19 · 2768 阅读 · 1 评论 -
「三代组装」使用Pilon对基因组进行polish
对初步组装进行polish以FASTA和BAM文件作为输入,根据比对结果对输入的参考基因组进行提高,包括单碱基差异 小的插入缺失(indels) 较大的插入缺失或者block替换 填充参考序列中的N 找到局部的错误组装最后输出polish后的FASTA文件利用第二代数据和第三代数据进行混装(Hybrid assembly),这种方法充分发挥了第二代数据质量高和第三代数据片段长的优势,组装出来的结果质量普遍比较高。混装策略的其中一种是先用第二代数据对第三代片段进行纠错,...原创 2021-02-04 21:47:04 · 1414 阅读 · 0 评论 -
如何理解PacBio的准确度?
Understanding Accuracy in SMRT Sequencing【字体:大中小】时间:2015年04月29日来源:基因有限公司编辑推荐: 第三代测序中的PacBio单分子实时(Single Molecule Real-Time, SMRT)DNA测序可以实现超过99.999%(QV50)的高度精确测序,且不受DNA序列中GC和AT含量的影响,平均读长可达10-15kb(*长>40kb),这是如何实现的呢?这是因为SMRT技术在与DNA测序...原创 2021-01-29 20:30:12 · 958 阅读 · 0 评论 -
Efficient assembly of nanopore reads via highly accurate and intact error cor通过高度准确和完整的错误校正有效组装纳米孔读数
Efficient assembly of nanopore reads via highly accurate and intact error correction通过高度准确和完整的错误校正有效组装纳米孔读数陈英, 范妮锇, 尚钱西锇, 郑英峰, 戚大, 托马斯·布雷, 耀汪鑫, 建丰兴, 志坚黄, 王德鹏, 丽娟他, 罗峰, 建新王, 刘以智& 肖传乐自然通讯卷12,产品编号:60(2021)引用本文 1887次访问 13高度 ...原创 2021-01-21 17:59:38 · 1007 阅读 · 0 评论 -
基因组大数据变异检测算法的并行优化
基因组大数据变异检测算法的并行优化基因组大数据变异检测算法的并行优化崔英博1, 黄春1, 唐滔1, 杨灿群1, 廖湘科1, 彭绍亮2,31 国防科技大学计算机学院,湖南 长沙 4100732 湖南大学信息科学与工程学院,湖南 长沙 4100823 国家超级计算长沙中心,湖南 长沙 410082摘要:序列比对和变异检测是基因组数据分析的基础步骤,是后续各种功能性分析的前提,也是基因组数据分析中最耗时的环节。为有效处理高通量测序技术产生的海量基因组大数据,采用OpenMP、MPI等技术,原创 2021-01-16 18:55:14 · 913 阅读 · 0 评论 -
wgsim说明
介绍============Wgsim是从参照基因组中模拟序列的小工具。它能够模拟二倍体基因组与SNP和插入/缺失(INDEL)多态性,并能够模拟均匀替代测序错误的reads。它不产生INDEL测序错误,但是这可能是部分地通过模拟INDEL多态性补偿。Wgsim输出是模拟多态性,并写入真正的reads坐标以及在reads名称的多态性和测序错误的数量。我们可以wgsim_eval.pl自带的包评估映射的准确性或SNP caller。编译===========GCC -...原创 2021-01-16 18:54:42 · 1312 阅读 · 0 评论 -
三代测序技术总结
第三代基因测序技术又被为“Single Molecule Real Time (SMRT™) DNA Sequencing”(单分子实时DNA测序技术)目前的三代测序分为:10XGenomics (Illumination公司的技术),PacBio-SMRT 和Nanopore sequencing技术缺陷:(基于二代的改进,严格说还是二代)10XGenomics 受GC含量影响比较大。高GC时候,覆盖率会有偏向性。 PacBio-SMRT 错误率比较高,能达到14%,可以通过多次测序来纠错。不过原创 2021-10-08 09:26:08 · 2238 阅读 · 0 评论 -
三代测序的基本原理、组装方法和应用场景
三代测序的基本原理、组装方法和应用场景PB/Nanopore测序原理及优缺点介绍 PB:光信号,荧光基团结合碱基测序 Nanopore:电信号 优点 无GC偏好性 缺点 错误率较高 有效孔只有三分之一 三代测序组装方法 参考文献:Comprehensive evaluation of non-hybrid genome assembly tools for third-generation PacBio long-read sequence data转载 2021-01-14 16:11:14 · 1536 阅读 · 0 评论 -
单端测序与双末端测序问题
单端测序与双末端测序问题问题 Paired-End测序与Mate-Pair测序相对于单端测序有何优势? Paired-End中的Read1和Read2到底是啥关系?它们是如何参与拼接和比对的呢? Mate-Paired与Paird-End两种不同建库测序的区别在哪里?产生的数据有何不同?各自有哪些优缺点? Single-Read测序、Paired-End测序、Mate-Pair测序,何时选择哪种测序策略?读长、插入序列为多少? 不懂的问题很多,困惑很多,借此寻.原创 2021-01-10 19:53:03 · 7407 阅读 · 0 评论