Linux命令示例

Mac电脑登录前需要先设置

对于 Mac pro 来说，经常出现一种情况是 ：登录没问题，但是超过 5 分钟不操作就会出现问题，没法输入，不得不重启 终端。解决方法是：

【1】在mac，打开终端，不要登录服务器

【2】然后在本地运行下面命令

cat  >~/.ssh/config
Host *
    ServerAliveInterval 120
    TCPKeepAlive no
^C

登录服务器

打开邮箱找到曾老师给大家发的邮件，里面有用户名、密码和ip地址，登录方式为：ssh 用户名@ip地址，如：

ssh  vip28@94.191.82.93

回车，然后输入密码

修改命令行配色

复制粘贴下面两行代码：

echo  'export PS1="\[\033]2;\h:\u \w\007\033[33;1m\]\u \033[35;1m\t\033[0m \[\033[36;1m\]\w\[\033[0m\]\n\[\e[32;1m\]$ \[\e[0m\]"' >> ~/.bashrc
source  ~/.bashrc

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man 命令，help 命令，或者某个命令的 --help 参数

man  ls		## 用 man 命令查看 ls 命令的帮助文档
help  ls	## 用 help 命令查看 ls 命令的帮助文档	
ls  --help	## 用 --help 参数查看 ls 命令的帮助文档

pwd命令

ls 命令

列出目录文件情况：

ls				## 列出当前目录的文件
ls  ./			## 同上，‘.’号代表当前目录
ls  ./*txt		## 列出当前目录下以 txt 结尾的文件
ls  ../ 		## 列出上层目录的文件
ls  -a			## 列出当前目录下的所有文件，包括隐藏文件
ls  -l			## 列出当前目录下文件的详细信息
ll				## ls  -la 的简写
ls  -lh 		## 加上 -h 参数，以 K、M、G 的形式显示文件大小
ls  -lh  /		## 列出根目录下文件的详细信息

cd 命令

切换工作目录

cd  ..       ## 切换到上层目录，相对路径
cd  /        ## 切换到根目录
cd  /teach/  ## 切换到根目录下的teach，绝对路径
cd  -        ## 返回上一次的工作目录
cd  ~        ## 回到用户家目录
cd           ## 同上，回到用户家目录

mkdir

# 创建目录
mkdir dir0
ls
mkdir dir0/sub1/sub2
ls
ls dir0
mkdir -p dir0/sub1/sub2
ls dir0
ls dir0/sub1/
mkdir -p  test{1..3}/test{1..3}
tree

touch

ls
touch  file.txt  new.txt
ls
touch  file{1..5}
ls

rm

rm  -i  file.txt
ls  file*
rm  file*
rm  -r  test1

mv

mv  file1   Data/file2

cp

cp   readme.txt   Data/
mkdir  dir0
cp  -r  dir0  Data/

ln

ln -s /teach/software/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh  ./

tar

## 解压
tar  -zxvf  Data.tar.gz
## 压缩
tar  -zcvf  Data.tar.gz    Data  ...

cat

cat  readme.txt
cat  -n  readme.txt
## 写入文件
cat >file
Welcome to Biotrainee() !
^C			## 这里是按Crtl  C
## 查看
cat file
Welcome to Biotrainee() !

head、tail

head  -n  20  Data/example.fq
## 查看 .bashrc 的最后 10 行
tail  ~/.bashrc
## 查看第20行
head  -n  20  Data/example.fq | tail -1

less

按 q 退出

less  Data/example.fq
less -S Data/example.fq
less -N Data/example.fq
zless -N Data/reads.1.fq.gz

wc

cat -n readme.txt
cat readme.txt | wc 
wc -l readme.txt

cut

less -S Data/example.gtf | cut -f 1,3-5
less -S Data/example.gtf | cut -d 'h' -f 1

sort

less -S Data/example.gtf | sort -k 4 | less -S
less -S Data/example.gtf | sort -n -k 4 | less -S

uniq

less -S Data/example.gtf | cut -f 3 | sort | uniq -c

paste

less -S Data/example.fq | paste - - - | less -S
paste file1 file2

tr

cat readme.txt | tr 'e' 'E'
cat readme.txt | tr '\n' '\t'
cat readme.txt | tr -d 'e' 

grep

grep Biotrainee -r ./
less -S Data/example.fq | grep 'gene'
less -S Data/example.fq | grep -w 'gene'
less -S Data/example.fq | grep -v -w 'gene'

正则表达式

cat readme.txt  | grep '^T'
cat readme.txt  | grep ')$'
cat readme.txt  | grep 'f.ee'
cat readme.txt  | grep 'f\?ee'
cat readme.txt  | grep 're\+'
cat readme.txt  | grep [bB]

sed

cat readme.txt | sed '1i Welcome to Biotrainee() '
cat readme.txt | sed '1a Welcome to Biotrainee() '
cat readme.txt | sed '1c Welcome to Biotrainee() 
cat readme.txt | sed 's/is/IS/g'
cat readme.txt | sed '/^$/d'
cat readme.txt | sed  'y/abc/ABC/'

awk

less -S  Data/example.gtf | awk '{print $9}' | less -S
less -S  Data/example.gtf | awk '{print $9,$10}' | less -S
less -S  Data/example.gtf | awk -F '\t' '{print $9}' | less -S
less -S  Data/example.gtf | awk '{if($3=="gene") print $0}' | less -S
less -S  Data/example.gtf | awk '{if($3=="gene") {print $0} else{print $3 " is not gene "}}' | less -S
less -S Data/example.gtf | awk '/gene/{print $0}' | less -S
less -S Data/example.gtf | awk 'BEGIN{print "find UTR feature"} /UTR/{print $0} END{print "end"}'
less -S Data/example.gtf | awk 'BEGIN{FS="\t"} {print $9}' | less -S
less -S Data/example.gtf | awk 'BEGIN{FS="\t";OFS="\t"} {gsub("gene","Gene",$3);print $0}' | less -S