![](https://img-blog.csdnimg.cn/20201014180756925.png?x-oss-process=image/resize,m_fixed,h_64,w_64)
shell
文章平均质量分 69
wangchuang2017
天下才子,中州过半
惟楚有才,于斯为盛
实事求是,知行合一
师者,所以传道,授业,解惑也
展开
-
Sort 用法
有时候学习脚本,你会发现sort命令后面跟了一堆类似-k1,2,或者-k1.2 -k3.4的东东,有些匪夷所思。今天,我们就来搞定它—-k选项!1 准备素材$ cat facebook.txt google 110 5000 baidu 100 5000 guge 50 3000 sohu 100 4500第一个域是公司名称,第二个域是公司人数,第三个域是员工平均工资。(除了公司名称,其他的别信,都瞎写的^_^)2 我想让这个文件按公司的字母顺序排序,也就是按第一个域进行排原创 2021-10-02 09:05:45 · 144 阅读 · 0 评论 -
生信分析过程中这些常见文件的格式以及查看方式
生信分析过程中这些常见文件的格式以及查看方式生信分析过程中,会与很多不同格式的文件打交道,除了原始测序数据fastq之外,还需要准备基因组文件fasta格式和基因注释文件gtf格式。在分析的过程中还会有众多中间文件的生成,如bed、bed12、sam、bam、wig、bigwig、bedgraph等,生成后我们一般会查看下内容了解文件每一列的含义,以此来决定需要提取哪些有用信息列来进行下一步分析。插播一个小剧场老板:“先查看一下bam文件内容。”小白:嗒嗒嗒敲键盘。$ less eh...原创 2023-08-23 08:21:35 · 507 阅读 · 0 评论 -
查看linux系统版本信息 lsb_release -a
查看linux系统版本信息查看linux系统版本信息命令:lsb_release -a原创 2021-01-30 19:00:48 · 5647 阅读 · 0 评论 -
linux命令行快速统计文件(压缩文件)的行数
linux命令行快速统计文件(压缩文件)的行数linux命令行快速统计文件(压缩文件)的行数统计(文件|压缩文件)的行数zcat file.gz | awk ‘END{print NR}’ # 最快。解压打开文件,输出文件最后一行行号zcat file.gz | sed -n ‘$=’ #迅速。直接打印出多少行zcat file.gz | grep -n “” |awk -F : ‘END{print $1}’ #迅速。解压打开文件,文件每行前标出行号并用冒号连接,以冒号为分隔符输出.原创 2021-01-30 18:59:13 · 2426 阅读 · 0 评论 -
fasta和fastq格式文件的shell小练习 http://www.bio-info-trainee.com/3575.html
其次完成生物信息学数据格式的习题(blast/blat/fa-fq/sam-bam/vcf/bed/gtf-gff),收集这些格式的说明书。fasta和fastq格式文件的shell小练习 http://www.bio-info-trainee.com/3575.htmlsam和bam格式文件的shell小练习 http://www.bio-info-trainee.com/3578.htmlVCF格式文件的shell小练习 http://www.bio-info-trainee.com/3577.h原创 2021-01-30 18:47:41 · 748 阅读 · 0 评论 -
LINUX的20练习题
LINUX的练习题:最低要求是完成我的 linux 20题 http://www.bio-info-trainee.com/2900.html其次完成生物信息学数据格式的习题(blast/blat/fa-fq/sam-bam/vcf/bed/gtf-gff),收集这些格式的说明书。fasta和fastq格式文件的shell小练习 http://www.bio-info-trainee.com/3575.htmlsam和bam格式文件的shell小练习 http://www.bio-info-train原创 2021-01-30 18:30:32 · 296 阅读 · 0 评论 -
登陆服务器
登录服务器 ssh 命令行法如果你的端口是默认的22 端口:ssh 用户名 IP 地址如果你的端口是特殊端口 以 2333 为例MacOS ssh 用户名 IP 地址 -p2333Windows ssh用户名 IP 地址 2333...原创 2021-01-28 11:17:43 · 778 阅读 · 0 评论 -
Centos安装g++错误 :No package g++ available
在centos下安装g++,如果输入 yum install g++,那么将会提示:[root@hugohugo]#yuminstallg++ Loadedplugins:fastestmirror,refresh-packagekit,security Loadingmirrorspeedsfromcachedhostfile *base:centos.ustc.edu.cn *extras:centos.ustc.edu.cn...原创 2021-01-27 18:51:08 · 4320 阅读 · 2 评论 -
阿里云 Linux指令入门-文件与权限
https://developer.aliyun.com/adc/scenario/exp/a12055b0e9e84e5692b05ae25d377ec0连接ECS服务器1. 打开系统自带的终端工具。Windows:CMD或Powershell。 MAC:Terminal。Windows用户请检查系统中是否安装有ssh工具。检查方法:1)在终端中输入命令ssh -V。ssh -V2)出现如下结果说明已安装。3)否则请下载安装OpenSSH。2. ...原创 2021-01-27 16:41:07 · 620 阅读 · 0 评论 -
boost:从0到1开发boost(linux、clion)
boost1、安装包下载下载地址选一个就好并将安装包放到centos的适当目录下2、设置编译器和所选库解压$ tar -xvf boost_1_74_0_b1.tar.bz2运行解压后生成的bootstrap.sh文件:$ cd boost_1_74_0/$ ./bootstrap.sh --with-libraries=all --with-toolset=gcc--with-libraries指定编译哪些boost库,all的话就是全部编...原创 2021-01-26 21:15:40 · 379 阅读 · 0 评论 -
Linux下的编译(环境是centos6.8 gcc 4.4.7)
Linux下的编译(环境是centos6.8 gcc 4.4.7)1. 运行命令:yum install gcc gcc-c++ bzip2 bzip2-devel bzip2-libs Python-devel -y 预先安装这些库,因为下面编译boost时会需要,若已安装,安装时会自动跳过,无需担心2. 定位到/home目录,运行命令:wgethttps://sourceforge.net/projects/boost/files/boost/1.55.0/boost_1_55_0.t...原创 2021-01-26 21:02:50 · 383 阅读 · 0 评论 -
Linux 安装Boost
1: 安装环境:华为鲲鹏云服务器,系统Ubuntu18.04 arm-64,1核,1G,1M2: 首先更新2.1 apt-get update2.2 apt upgrade3: 安装依赖项3.1 apt-get install libboost-all-dev4: 下载源码并编译4.1: cd 到安装目录cd /usr/local/src4.2: 下载源码wgethttps://dl.bintray.com/boostorg/release/1.66.0/...原创 2021-01-26 20:50:29 · 928 阅读 · 0 评论 -
Linux下Boost编译安装
Boost库是一个可移植、提供源代码的C++库,作为标准库的后备,是C++标准化进程的开发引擎之一。 Boost库由C++标准委员会库工作组成员发起,其中有些内容有望成为下一代C++标准库内容。在C++社区中影响甚大,是不折不扣的“准”标准库。Boost由于其对跨平台的强调,对标准C++的强调,与编写平台无关。大部分boost库功能的使用只需包括相应头文件即可,少数(如正则表达式库,文件系统库等)需要链接库。安装步骤:wget https://dl.bintray.com/boostorg/...原创 2021-01-26 20:49:07 · 1182 阅读 · 0 评论 -
Linux下编译安装Boost1.66
新闻可移植的 C++ 标准库 Boost 发布了 1.66.0 版本,Boost 库是一个经过千锤百炼、可移植、提供源代码的 C++ 库,作为标准库的后备,是 C++ 标准化进程的发动机之一,由 C++ 标准委员会库工作组成员发起。使用 VS 15.5 的开发者请注意,官方表示由于 Visual Studio 15.5 发布得太晚,所以 1.66.0 版本尚未在上面进行过测试。1.66.0 新增了以下三个库: Beast:轻量的 HTTP、WebSocket 和网络操作库,使用了 C...原创 2021-01-26 20:47:19 · 747 阅读 · 0 评论 -
linux C++安装并编译boost库
编译安装wget https://dl.bintray.com/boostorg/release/1.67.0/source/boost_1_67_0.tar.gztar -zxvf boost_1_67_0.tar.gz./boostrap.sh --help./bootstrap.sh --prefix=/usr/local./b2 install --with=allboost库被安装在/usr/local/lib下面默认安装在/usr/local的lib,.原创 2021-01-26 20:32:50 · 1582 阅读 · 0 评论 -
Zlib的安装与测试
一、Zlib的安装Linux平台:1、Zlib的下载wget http://www.zlib.net/zlib-1.2.11.tar.gz2、解压 tar zxvf zlib-1.2.11.tar.gz 3、编译(进入zlib-1.2.11目录) ./configure && make && make install源码编译说明:① ./configure//在解压软件目录内部执行相关参数配置...原创 2021-01-26 18:40:27 · 36552 阅读 · 2 评论 -
Linux命令示例
Mac电脑登录前需要先设置对于 Mac pro 来说,经常出现一种情况是 :登录没问题,但是超过 5 分钟不操作就会出现问题,没法输入,不得不重启 终端。解决方法是:【1】在mac,打开终端,不要登录服务器【2】然后在本地运行下面命令cat >~/.ssh/configHost * ServerAliveInterval 120 TCPKeepAlive no^C登录服务器打开邮箱找到曾老师给大家发的邮件,里面有用户名、密码和ip地址,登录方式为:...原创 2021-01-22 16:09:28 · 123 阅读 · 0 评论 -
linux 的三驾马车grep ,sed,awk
grepls readme*ls example*只要出现gene字眼都查找出less example.gtf| grep 'gene'精确查找,一个单词一个单词的搜索less example.gtf| grep -w 'gene'less example.gtf| grep -w -v -c 'gene'wc -l example.gtfless example.gtf| grep -w -e 'gene' -e 'U...原创 2021-01-17 15:21:54 · 362 阅读 · 0 评论 -
linux 软件安装
conda的安装## 下载,其实不需要,服务器已经下载好了,直接cp或者软链接即可# wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh## 软链接即可cd ~ln -s /teach/software/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ./## 安装,安装过程只需要输入 yes 或者按 Enterbash原创 2021-01-17 14:59:12 · 1131 阅读 · 0 评论 -
linux 环境变量
echo $PATHecho $PATH | tr ':' '\n' 打印目录列表 将冒号替换为换行符;很多都是以bin结尾的 image.png原创 2021-01-17 14:56:46 · 174 阅读 · 0 评论 -
linux 脚本编程
image.pngimage.png• 查看CPU信息:lscpu• 查看内存信息:free -h• 查看硬盘信息:df -hls -lh 显示当前文件夹的大小 du -h -d 1du -sh 打印变量需要echo 美元符号$可以对变量进行传递解释 (要区分跟R的区别) 状态变量 位置参数image.png结构化语句if循环image...原创 2021-01-17 14:16:50 · 190 阅读 · 0 评论 -
生信人的linux考试
一、在任意文件夹下面创建形如 1/2/3/4/5/6/7/8/9 格式的文件夹系列。mkdir testcd testmkdir -p 1/2/3/4/5/6/7/8/9二、在创建好的文件夹下面,比如我的是 /Users/jimmy/tmp/1/2/3/4/5/6/7/8/9 ,里面创建文本文件 me.txttouch ./1/2/3/4/5/6/7/8/9/me.txttree.└── 1 └── 2 └── 3 └─..原创 2021-01-15 15:23:57 · 592 阅读 · 0 评论 -
Linux系统
以下是对这些目录的解释:/bin:bin 是 Binaries (二进制文件) 的缩写, 这个目录存放着最经常使用的命令。/boot:这里存放的是启动 Linux 时使用的一些核心文件,包括一些连接文件以及镜像文件。/dev :dev 是 Device(设备) 的缩写, 该目录下存放的是 Linux 的外部设备,在 Linux 中访问设备的方式和访问文件的方式是相同的。/etc:etc 是 Etcetera(等等) 的缩写,这个目录用来存放所有的系统管理所需要的配置文件和子目录。.原创 2021-01-15 10:26:51 · 96 阅读 · 0 评论 -
生信基础巩固Linux篇
基础篇 Linux优势 系统更加稳定,处理数据更方便 大多数服务器以Linux为内核 常用路径命令 pwd 查找当前路径 ls 查找当前路径下的文件 ls dirname 查看某指定文件夹下的文件 ls -l 查看文件/文件夹的具体信息 cd dirname 切换到某指定文件夹下 cd .. 返回上一级目录 cd ~ 返回登陆节点 echo 打印字符串到终端 文件及文件夹 touch file 创建空文件 cat ...原创 2021-01-14 16:05:54 · 160 阅读 · 0 评论 -
腾讯云 已连接到实验云主机 linux 运维基本操作
已连接到实验云主机登录:sshroot@119.29.133.225-p22密码:drjzyW0#^^#%系统:CentOS 7.2 64 位原创 2021-01-20 14:20:21 · 232 阅读 · 0 评论 -
netstat 命令(Linux)
netstat 命令netstat 命令用于显示各种网络相关信息,如网络连接, 路由表, 接口状态等等列出所有处于监听状态的tcp端口netstat -lt查看所有的端口信息, 包括 PID 和进程名称netstat -tulpn原创 2021-01-12 20:48:08 · 134 阅读 · 0 评论 -
ping -c3 baidu.com ping过去是这样,代表网络畅通
ping -c3 baidu.com ping过去是这样,代表网络畅通原创 2020-12-22 16:41:57 · 522 阅读 · 1 评论 -
Linux课2021
Linux课2021 我把Linux学习分成6个阶段,每个阶段都需要至少一天以上的学习: 第1阶段:把linux系统玩得跟Windows或者MacOS那样的桌面操作系统一样顺畅,主要目的就是去可视化,熟悉黑白命令行界面,可以仅仅以键盘交互模式完成常规文件夹及文件管理工作。 第2阶段:做到文本文件的表格化处理,类似于以键盘交互模式完成Excel表格的排序、计数、筛选、去冗余,查找,切割,替换,合并,补齐,熟练掌握awk,sed,grep这文本处理的三驾马车。 第3阶段:元字符,原创 2021-01-12 20:32:04 · 140 阅读 · 0 评论 -
FASTA序列格式说明
FASTA序列格式说明fasta序列格式是blast组织数据的基本格式,无论是数据库还是查询序列,大多数情况都使用fasta序列格式,所以首先对fasta格式在做详细说明。 下面是一个来源于NCBI的fasta格式序列:>gi|187608668|ref|NM_001043364.2| Bombyx mori moricin (Mor), mRNAAAACCGCGCAGTTATTTAAAATATGAATATTTTAAAACTTTTCTTTGTTTTTATTGTGGCAATGTCTC.原创 2021-01-10 20:26:12 · 8228 阅读 · 0 评论 -
echo$PATH
原创 2021-01-10 20:09:50 · 2112 阅读 · 0 评论 -
nohup
nohup wget -c --limit-rate=1Mhttps://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh &tail -f nohup.out原创 2021-01-07 21:11:39 · 278 阅读 · 0 评论