linux 软件安装

conda的安装

## 下载，其实不需要，服务器已经下载好了，直接cp或者软链接即可
# wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
## 软链接即可
cd  ~
ln  -s  /teach/software/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh  ./
## 安装，安装过程只需要输入 yes 或者按 Enter
bash  Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 

## 重新激活环境
source  ~/.bashrc 

## 查看 conda 的帮助文档


## 配置镜像，依次运行下面7句命令即可
# 下面这三行配置官网的channel地址
conda config --add channels r 
conda config --add channels conda-forge 
conda config --add channels bioconda
# 下面这四行配置清华大学的bioconda的channel地址，国内用户推荐
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes
## 配置镜像成功

# 查看配置结果
cat ~/.condarc

image.png

创建小环境

##创建名为rna的软件环境来安装转录组学分析的生物信息学软件
conda create -y -n  rna  python=3
# 创建小环境成功，并成功安装python3版本
# 每建立一个小环境，安装一个python=3的软件作为依赖

# 查看当前conda环境
conda info -e

# 每次运行前，激活创建的小环境rna
conda activate rna

# 退出小环境
conda deactivate

在小环境中安装生信软件

conda activate rna
# 安装 fastqc 软件
conda  install  fastqc

# 调出帮助文档
fastqc --help

# 可以指定软件版本
conda install -y sra-tools=2.10.7 

# 可以一次安装多个软件
conda install -y trim-galore  hisat2  subread  multiqc  samtools  salmon  fastp

## 不是通过软件名来调用帮助文档，而是软件的命令
# sra-tools
prefetch --help
fastq-dump --help
which prefetch

#  trim-galore
trim_galore --help

# hisat2
hisat2 -h

# subread
featureCounts

# multiqc
multiqc --help

# samtools
samtools
which samtools

# salmon
salmon

# fastp
fastp --help