fasta和fastq格式文件的shell小练习 http://www.bio-info-trainee.com/3575.html

其次完成生物信息学数据格式的习题(blast/blat/fa-fq/sam-bam/vcf/bed/gtf-gff)，收集这些格式的说明书。
fasta和fastq格式文件的shell小练习 http://www.bio-info-trainee.com/3575.html
sam和bam格式文件的shell小练习 http://www.bio-info-trainee.com/3578.html
VCF格式文件的shell小练习 http://www.bio-info-trainee.com/3577.html

这个是有机结合生物信息学的linux和数据格式的练习题：
下载bowtie2软件后拿到示例数据：

mkdir -p ~/biosoft
cd ~/biosoft
wget https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.3.4.3/bowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64.zip 
unzip bowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64.zip 
cd ~/biosoft/bowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64/example/reads

1)统计reads_1.fq 文件中共有多少条序列信息

2）输出所有的reads_1.fq文件中的标识符(即以@开头的那一行)
3) 输出reads_1.fq文件中的 所有序列信息(即每个序列的第二行)
4）输出以‘+’及其后面的描述信息(即每个序列的第三行)
5）输出质量值信息(即每个序列的第四行)
6) 计算reads_1.fq 文件含有N碱基的reads个数
7) 统计文件中reads_1.fq文件里面的序列的碱基总数
8）计算reads_1.fq 所有的reads中N碱基的总数
9）统计reads_1.fq 中测序碱基质量值恰好为Q20的个数
10）统计reads_1.fq 中测序碱基质量值恰好为Q30的个数
11）统计reads_1.fq 中所有序列的第一位碱基的ATCGNatcg分布情况
12）将reads_1.fq 转为reads_1.fa文件(即将fastq转化为fasta)
13) 统计上述reads_1.fa文件中共有多少条序列
14）计算reads_1.fa文件中总的碱基序列的GC数量
15）删除 reads_1.fa文件中的每条序列的N碱基
16）删除 reads_1.fa文件中的含有N碱基的序列
17) 删除 reads_1.fa文件中的短于65bp的序列
18） 删除 reads_1.fa文件每条序列的前后五个碱基
19）删除 reads_1.fa文件中的长于125bp的序列
20）查看reads_1.fq 中每条序列的第一位碱基的质量值的平均值

echo $PATH |grep -o ":"|wc
cat reads_1.fq |paste - - - - |less -SN 
cat reads_1.fq |paste - - - - |cut -f 2|grep -o [ATCGNatcg]|wc
# http://ascii.911cha.com/
# 63 ?
# 53 5
# 97 a
# 107 k

下载bowtie2软件后拿到示例数据。

https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.4.2/bowtie2-2.4.2-linux-x86_64.zip

1）统计reads_1.fq 文件中共有多少条序列信息

2）输出所有的reads_1.fq文件中的标识符(即以@开头的那一行)

3) 输出reads_1.fq文件中的 所有序列信息(即每个序列的第二行)

4）输出以‘+’及其后面的描述信息(即每个序列的第三行)

5）输出质量值信息(即每个序列的第四行)

6) 计算reads_1.fq 文件含有N碱基的reads个数

7) 统计文件中reads_1.fq文件里面的序列的碱基总数

8）计算reads_1.fq 所有的reads中N碱基的总数

9）统计reads_1.fq 中测序碱基质量值恰好为Q20的个数

10）统计reads_1.fq 中测序碱基质量值恰好为Q30的个数

11）统计reads_1.fq 中所有序列的第一位碱基的ATCGN分布情况

12）将reads_1.fq 转为reads_1.fa文件(即将fastq转化为fasta)

13) 统计上述reads_1.fa文件中共有多少条序列

14）计算reads_1.fa文件中总的碱基序列的GC数量

15）删除 reads_1.fa文件中的每条序列的N碱基

16）删除 reads_1.fa文件中的含有N碱基的序列

17）删除 reads_1.fa文件中的短于65bp的序列

18）删除 reads_1.fa文件每条序列的前后五个碱基

19）删除 reads_1.fa文件中的长于125bp的序列

20）查看reads_1.fq 中每条序列的第一位碱基的质量值的平均值