RDKit | 基于RDKit和SMARTS的化学反应处理

最新推荐文章于 2023-07-17 10:16:05 发布
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分类专栏： RDKit | 化学信息学与AI 文章标签： RDKit 化学信息学 化学反应
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本文探讨了SMILES和SMARTS的区别，SMILES作为分子描述语言，SMARTS作为模式描述语言，用于化学反应的子结构搜索。通过RDKit，我们可以使用Reaction SMILES/SMARTS描述和处理化学反应，例如Murai反应和MacMillan的三氟甲基化反应。
摘要由CSDN通过智能技术生成

 

 SMILES和SMARTS的区别 

SMILES: 分子描述语言

SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System)是一种分子描述语言，由Daylight C.I.S.的创始人 Dr. David Weininger 博士发明。它简单，易于理解，且广泛使用的分子描述方法。

  • 将分子的二维结构描述为字符串
  • 紧凑地保存信息
  • 与原子坐标数组不同ÿ
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Wangzx的博客
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化学信息学|SMARTS规则速查表
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07-22
您好！对于化学信息学中的SMARTS规则，以下是一些常见的规则和对应的含义： 1. 基本原子和键： - `[#6]`：表示碳原子 - `[O]`：表示氧原子 - `[H]`：表示氢原子 - `=`：表示双键 - `#`：表示三键 2. 原子属性： - `[C;!H0]`：表示非氢的碳原子 - `[C;H2]`：表示带有2个氢原子的碳原子 3. 原子环境： - `[C;R]`：表示在环中的碳原子 - `[C;r5]`：表示在5元环中的碳原子 4. 杂环原子： - `[N,S,O]`：表示氮、硫、氧原子 - `[n!H0,s;D2]`：表示带有两个接受氢键的非氢杂环原子 5. 字符串连接： - `C-C`：表示两个碳原子之间的连接 - `C-N-C`：表示两个碳原子通过氮原子连接 这只是一小部分SMARTS规则的示例，SMARTS规则非常灵活，可以用于描述化学结构和模式。您可以根据具体需求使用更复杂的规则来匹配特定的化合物结构。希望这些示例对您有所帮助！如果有任何进一步的问题，请随时提问。
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