RDKit | 化合物SDF文件转换为SMILES存储为CSV

最新推荐文章于 2024-08-15 17:40:56 发布

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分类专栏： RDKit | 化学信息学与AI 文章标签： RDKit python 化学信息学

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本文介绍了如何运用RDKit库将化合物的SDF格式文件转换成CSV，重点关注如何保留化合物的SMILES信息，并处理不同化合物可能具有的不同属性，确保CSV输出时不遗漏任何有效信息。

摘要由CSDN通过智能技术生成

将化合物格式SDF文件转换为CSV文件。

读取SDF中的属性并输出为CSV项目
不必使每个化合物的属性具有相同的属性（输出不为空的属性）。

import pandas as pd
from rdkit import Chem
import argparse
from collections import defaultdict


def main():

    parser = argparse.ArgumentParser()
    parser.add_argument("-input", type=str, required=True)
    parser.add_argument("-output", type=str, required=True)
    parser.add_argument("-save_name", action='store_true', help="store header line as _Name")
    args = parser.parse_args()

    # Read SDF
    sdf_sup = Chem.SDMolSupplier(args.input)
    Props = []
    if args.save_name:
        Props.append("_Name")

    for mol in sd

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