TCGA Copy Number Portal:肿瘤拷贝数变异数据中心

最新推荐文章于 2024-06-12 16:41:09 发布
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文章标签： 大数据 编程语言 数据分析 机器学习 数据可视化
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本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_43569478/article/details/108079549
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本文介绍了TCGA Copy Number Portal，一个存储肿瘤体细胞拷贝数变异数据的中心。文章详细阐述了SCNAs的分类、分析方式，并通过实例展示了Amplifications和Deletions的结果，为肿瘤研究提供了关键信息。
摘要由CSDN通过智能技术生成

欢迎关注”生信修炼手册”!

肿瘤的形成过程中涉及到了多种类型的基因组变异，比如点突变，拷贝数变异，基因融合等等，肿瘤和遗传病不同，各种基因组变异是后天形成的，所以在肿瘤研究中，关注的是体细胞上的基因组变异。

将肿瘤体细胞上的拷贝数变化，somatic copy-number alterations, 简称为SCNAs。通过GISTIC软件来识别关键的驱动型SCNAs和对应的靶基因，相关结果存储在TCGA Copy Number Portal，网址如下

http://portals.broadinstitute.org/tcga/home

GISTIC根据长度将SCNAs分成了Focal和Arm-level两类，示意如下

红色代表染色体片段的扩增，绿色代表染色体片段的缺失。在网站上，可以通过以下两种方式来查看结果

  1. Gene-Centric GISTIC Analysis

  2. Cancer-Centric GISTIC Analysis

以第二种方式为例，首先选择数据分析的版本和感兴趣的肿瘤类型

结果分为了3个部分

1. summary

对肿瘤数据

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