nnunet修改batchsize、patchsize

nnunet修改batchsize、patchsize

本文只是为了自己平时训练方便而做的笔记，不保证一定正确，但这样修改的确能正常使用。

1、首先使用官方的数据集处理命令，对数据集进行处理

2、使用如下代码修改batchszie、patchsize

import pickle
from batchgenerators.utilities.file_and_folder_operations import *
import numpy as np

#源plans文件的路径，基于该文件进行修改,这个保存batchsize的文件在processed文件夹对应的任务id下，请根据实际情况修改下面路径
path = '/home/nnUNet_preprocessed/Task017_Liver/nnUNetPlansv2.1_plans_3D.pkl'
f = open(path, 'rb')
plans = pickle.load(f)
#可以通过print命令查看整个文件的内容，格式为类似json的结构，可以用一些json格式化工具查看，具体度娘
# print(plans)

# print("--------------分割线--------------")
# 查看原来的patchsize
print(plans['plans_per_stage'][0]['patch_size'])
print(plans['plans_per_stage'][1]['patch_size'])


plans = load_pickle(path)

# 例如，plans 更改patchsize 将batchsize改为6 patchsize改为48*192*192
plans['plans_per_stage'][0]['batch_size'] = 6
plans['plans_per_stage'][0]['patch_size'] = np.array((48, 192, 192))

plans['plans_per_stage'][1]['batch_size'] = 6
plans['plans_per_stage'][1]['patch_size'] = np.array((48, 192, 192))

# save the plans under a new plans name. Note that the new plans file must end with _plans_2D.pkl!
#保存到默认的路径下，这样才能被识别，必须以_plans_2D.pkl或者_plans_3D.pkl结尾；可以按照以下方式命名方便通过文件名识别batchsize的大小
save_pickle(plans, join("/home/nnUNet_preprocessed/Task017_Liver/",
                        'nnUNetPlansv2.1_ps48_192_192_bs6_plans_3D.pkl'))