有一个特别有用的包library(GenomicFeatures),之前做fusion很多时候都用过。这次正好要求FPKM,
FPKM= read counts / (mapped reads (Millions) * exon length(KB))
https://www.bioinfo-scrounger.com/archives/342/因为要计算exon的值,正好久按照 大神给的方法和公式计算了,但是因为得到的是所有基因的exon长度,需要进行具体查询,基本的数据格式是这样的,算是二维序列,如:
$ENSG00000011454
[1] 9151
然后已知基因名,可以利用exons_gene_lens$ENSG00000011454来检索出具体长度。但是,我只能是用变量,就是exons_gene_lens$a,所得结果一直为NULL,左思右想,原来list把a当作匹配元素了(不知道是不是应该这么叫),就是list查询时候真的不能用$变量的形式,那要是需要变量咋办?
最快的办法:
exons_gene_lens[[a]]绝对超级好用