2020.08.14【RNA-Seq流程】丨将HTseq生成的基因COUNT值转换为FPKM值

已于 2022-03-24 11:44:54 修改
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分类专栏： 生物信息 数据处理读书笔记 R语言 文章标签： r语言 数据分析
于 2020-08-14 12:07:03 首次发布
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2021.04.22更新：2.0版本

count转换FPKM介绍

公式介绍

FPKM公式
下方公式是FPKM的综述文章写的，参数并不好理解，但是对数量级表示很明白
FPKM公式

https://haroldpimentel.wordpress.com/2014/05/08/what-the-fpkm-a-review-rna-seq-expression-units/

要求出FPKM值，需要获得三个参数。
cDNA Fragments：可以理解为单个基因比对到基因组上的reads数，在测序数据里就是count值。HTseq处理后可以直接得到结果。
Mapped Fragments：指每个样品中所有基因比对到基因组上的reads数。也就是用求和函数sum()将单一样品的count全部加起来。注意，由于单位是百万，所以求和后需要除以10^6。
Transcript Length：也就是exon length，是指reads比对到基因外显子上的长度。这个需要找到参考基因组才能获得数据。

R语言脚本

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穆易青
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