R语言：利用rhdf5包创建多组学.h5文件补充

最新推荐文章于 2024-08-23 01:15:24 发布

hyena_7

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分类专栏： R 单细胞分析数据分析文章标签： r语言开发语言

本文链接：https://blog.csdn.net/watermel__/article/details/129815309

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该文展示了如何使用R语言中的Seurat和rhdf5库将RNA、ATAC和ADT等多种组学数据转换成.h5文件。通过创建Seurat对象，处理数据并利用h5write函数写入矩阵和元数据到同一文件中，实现数据整合。

摘要由CSDN通过智能技术生成

R语言：将两种及两种以上组学数据转.h5文件转换方式

library(dplyr)
library(Seurat)
library(patchwork)
library(reticulate)
library(Signac)
library(rhdf5)
#假设我们之前已经读入了三种组学文件
rna <- CreateSeuratObject(counts =RNA, project = "mix_rna",min.cells = 10)
atac <- CreateSeuratObject(counts=ATAC,project = 'mix_atac',assay='ATAC',min.cells = 10)
adt <