冲积图（alluvial plot）展示竞争性内源RNA（ceRNA）网络

导读：

用冲积图展示ceRNA网络可以更好地查看竞争和吸附关系，让静态的图，“流动”起来。

冲积图简介

Alluvial plot（冲积图）是一种流程图，最初设计用于展示网络结构随时间的变化。这种图表特别适用于展示数据中的分类如何从一个组别流向另一个组别，例如在分析不同子类型样本中的细胞如何在不同聚类中分布，或者在不同数据集中的细胞如何在不同聚类中分布的情况。Alluvial plot 通过水平或垂直的流带（ribbons）来表示数据流，这些流带的宽度可以表示数据量或者数据的比例。在R语言中，可以通过ggalluvial包来创建这种图表。

CeRNA简介

CeRNA（competing endogenous RNAs，竞争性内源RNA）是一种RNA间的相互作用机制，它们通过应答元件（microRNA response elements，MREs）与microRNA结合，从而影响microRNA导致的基因沉默来调节基因表达。CeRNA的概念中有两个关键词，竞争和内源。内源指的是这个调控机制在生物体内自然存在，而竞争是这个机制的核心。在ceRNA的调控机制中，不同的RNA分子，如mRNA、lncRNA、假基因和circRNA等，都可能含有与特定miRNA互补的序列，这些RNA分子通过共享的MREs与miRNA竞争结合，形成一种复杂的调控网络 。这一领域的研究正在不断深入，有望为疾病标志物的发现和治疗提供新的策略。

1.打开作图URL

微生信-免费在线绘制冲积图（alluvial plot）

2.示例数据

点击图片上方的示例数据，下载，并使用excel打开。

示例数据包括3列：

第1列：circRNA，以circBase id展示

第2列：miRNA，以miRbase id展示

第3列：mRNA，以gene symbol展示

注：也可以绘制4+列，但最少2列

3.输入检查

Ctrl+A选中示例数据，Ctrl+C拷贝，Ctrl+V粘贴到输入框。

​然后使用输入框下面的“输入检查”按钮先对输入数据进行检查。若检查不通过，请根据检查提示重复【修改-输入检查】步骤，直到检查通过（如下图所示），然后可以继续往下进行。

注：输入检查是新加功能，它会根据不同模块的输入要求，逐行逐列检查输入数据，并给出提示，确保数据符合模块要求。

4.参数选择

图片大小：图片宽度，图片高度

文字大小：矩形上标注文字的字体大小

透明度：矩形连线（流动带）的透明度，0表示完全透明（消失），1表示完全不透明（与左侧矩形的颜色一样）。

矩形宽度：控制矩形的宽度，也可以通过设置图片宽度和高度调整

颜色：自定了30种颜色，按照出图后，从上到下，从左到右的顺序。其中带的颜色是左侧矩形颜色加上透明度。

字体：Times New Roman和Arial字体

5.提交出图

检查通过，并且参数选好后，点击“提交”按钮，约5s后，会在页面上呈现富集结果渐变树图预览。我们提供了pdf，svg两种矢量图，png，tiff两种标量图供大家下载使用。其中矢量图可以使用acrobat illustrator进行编辑、组图等。

 

除了可以绘制3列数据外，有可以绘制4列甚至更多列数据。例如下图，绘制了circRNA-miRNA-mRNA-mRNA，其中前3列构成ceRNA关系，后边两列是蛋白质相互作用（PPI）。若节点太多，则不建议用冲积图展示，可以考虑网络图，弦图等。

微生信助力高分文章，用户194000，谷歌学术3500