差异表达基因变化倍数_差异表达基因

1. 什么是差异表达基因

在不同组织中表达发生明显变化的基因

是导致细胞状态发生变化的关键基因

是表达谱分析的主要对象

2. 寻找差异表达基因的两种方法

倍数变化阀值(一般设置为2倍)

具体方法：

找出所有基因的表达变化率

按照表达变化率排序

上调两倍或者下调两倍算作差异表达基因

适合条件：实验重复数极少

差异基因数目比例(top5%, 即最上调的2.5%，最下调的2.5%)

用假设检验来做

3. R 语言实现

这个实验作者想知道用Infliximab 治疗溃疡性结肠炎 有应答组合无应答组的基因表达差异

3.1 材料准备

1.下载“GSE12251” 23个项目

image.png

制作一个target.txt 文件

相当于记录临床信息，12 个为应答组，11个为无应答组

image.png

下载“anonotation.csv”

去 affy 官网下载，下载下来的是"HG-U133_Plus_2.na36.annot.csv", 需要整理如下

image.png

3.2 R 代码

library(affy)

library(limma)

##import phenotype data

phenoData = read.Ann