差异表达基因变化倍数_[R]倍数法（Fold change）R代码实现

倍数法（Fold change） 是最早应用于基因表达谱数据分析的方法，用 于量化一个基因的表达变化程度：

其中 x 1( i ) 和 x 2(i ) 分别表示基因 i 在两类样本中原始表达丰度的均值。 该方法通 过两类样本的基因原始表达丰度值的比较，计算出每个基因在两类样本间的 倍数差值，如果倍数差值大于预设阈值，判定为差异表达基因。虽然该方法 适用于小样本数据分析，但是没有考虑基因差异表达的统计显著性而且差异 阈值的设定相对人为，常根据研究者的经验及需要进行设定。

foldChange<-function(inData,classLabel)
{
  #Calculating all probes' FC value
  sampleIdsCase<-which(classLabel==0);#0 tumer
  sampleIdsControl<-which(classLabel==1);#1 normal
  probeFC<-rep(0,nrow(inData))
  for(i in 1:nrow(inData))
  {
    probeFC[i]<-mean(as.numeric(as.vector(inData[i,sampleIdsCase])))/mean(as.numeric(as.vector(inData[i,sampleIdsControl])));
  }
  probeFC<-log(probeFC,base=2);
  result<-probeFC;
  return(result)
}

更多内容请访问：

[R]倍数法（Fold change）R代码实现​www.jianshu.com