倍数法(Fold change) 是最早应用于基因表达谱数据分析的方法,用 于量化一个基因的表达变化程度:
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其中 x 1( i ) 和 x 2(i ) 分别表示基因 i 在两类样本中原始表达丰度的均值。 该方法通 过两类样本的基因原始表达丰度值的比较,计算出每个基因在两类样本间的 倍数差值,如果倍数差值大于预设阈值,判定为差异表达基因。虽然该方法 适用于小样本数据分析,但是没有考虑基因差异表达的统计显著性而且差异 阈值的设定相对人为,常根据研究者的经验及需要进行设定。
foldChange<-function(inData,classLabel)
{
#Calculating all probes' FC value
sampleIdsCase<-which(classLabel==0);#0 tumer
sampleIdsControl<-which(classLabel==1);#1 normal
probeFC<-rep(0,nrow(inData))
for(i in 1:nrow(inData))
{
probeFC[i]<-mean(as.numeric(as.vector(inData[i,sampleIdsCase])))/mean(as.numeric(as.vector(inData[i,sampleIdsControl])));
}
probeFC<-log(probeFC,base=2);
result<-probeFC;
return(result)
}
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