gromacs 安装_分子模拟软件 gromacs 安装流程

分子模拟软件 gromacs 安装流程

(1)tar -zxvf fftw-3.1.2.tar.gz

tar –zxvf gromacs-3.3.1.tar.gz

tar -zxvf lam-7.1.3.tar.gz

(2)cd lam-7.1.3

./configure --prefix=/home/lam-7.1.3 --without-fc --with-rsh="ssh-x"

make

make install

(3)export PATH=$PATH:/home/lam-7.1.3/bin ( append to .bashrc)

(4)cd fftw-3.1.2

./configure --enable-float --enable-mpi --prefix=/home/fftw-3.1.2

make

make install

make distclean

./configure --prefix=/home/fftw-3.1.2 --enable-mpi

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编译fftw时需要加configure参数--single(还是--float？先加一个--help看看吧！)

另外，推荐你一定要打开sse：-mfpmath=sse -msse，浮点计算速度有数倍的提升。

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(3)export CPPFLAGS=-I/home/fftw-3.1.2/include

export LDFLAGS=-L/home/fftw-3.1.2/lib

(4)cd gromacs-3.3.1

./configure --prefix=/home/gromacs-3.3.1 --enable-mpi

make

make install

make distclean

./configure --prefix=/home/gromacs-3.3.1 --program-suffix=_d --enable-mpi

--disable-float

(5)export PATH=$PATH:/home/gromacs-3.3.1/bin ( append to .bashrc)

(6)make contrib